将合同约定内容认定为本案查明事实，并不违法。在合同纠纷案件中，法院或仲裁机构在审理案件时，会依据双方提交的证据和法律规定，对合同的内容、履行情况等进行查明和认定，这是司法程序中的常规操作。以下从几个角度详细分析：

1. 合同约定内容作为查明事实的依据

在合同纠纷中，合同本身是双方意思表示一致的产物，是确定双方权利义务关系的基础。法院或仲裁机构在审理案件时，会将合同约定内容作为查明案件事实的重要依据。这是因为合同内容直接反映了双方在订立合同时的真实意图和约定，对于判断双方是否履行了合同义务、是否存在违约行为等具有关键作用。因此，将合同约定内容认定为本案查明事实，是合法且必要的。

2. 合同约定内容认定的合法性

合同约定内容的认定，必须遵循法律规定和司法程序。法院或仲裁机构在认定合同内容时，会审查合同的合法性、有效性以及是否违反法律、行政法规的强制性规定。如果合同内容合法有效，且双方均按照合同约定履行了义务，那么合同约定内容自然会被认定为本案查明事实的一部分。反之，如果合同内容存在违法或无效情形，法院或仲裁机构会依法进行认定和处理，但这并不意味着将合同约定内容认定为查明事实本身违法。

3. 合同约定内容认定的实践操作

在实际操作中，法院或仲裁机构会要求双方提交合同原件或复印件作为证据，并会对合同内容进行质证和认证。质证过程中，双方可以就合同内容的真实性、合法性、关联性等进行辩论和说明。法院或仲裁机构会根据双方提交的证据和辩论情况，对合同内容进行认定，并将其作为查明案件事实的重要依据。这一过程是公开、透明且合法的，不存在将合同约定内容认定为查明事实违法的问题。

4. 可能的法律后果

如果法院或仲裁机构错误地将违法或无效的合同约定内容认定为查明事实，并据此作出判决或裁决，那么相关当事人可以依法提出上诉或申请撤销。在上诉或申请撤销过程中，上级法院或仲裁机构会对原判决或裁决进行审查，如果发现原判决或裁决存在错误，会依法进行改判或撤销。因此，即使存在将违法或无效的合同约定内容错误认定为查明事实的情况，也有相应的法律救济途径。

建议：在合同纠纷中，双方应确保合同内容的合法性和有效性，并按照合同约定履行义务。如果发生纠纷，应及时收集证据并寻求法律帮助。如果你有任何关于合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的法律建议。