结论：甲乙双方签订的合同中，是可以约定由第三方付款的，但需注意明确第三方的具体信息、付款方式、付款时间、付款条件等内容，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益。

分析如下：

一、合同约定第三方付款的合法性

在合同关系中，双方具有自主性，能够就付款主体等相关条款进行协商并达成一致。从法律角度来看，只要该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益，就是有效的。因此，甲乙双方在合同中约定由第三方付款，是合法的。

二、约定第三方付款时需注意的事项

1. 明确第三方的具体信息：

   • 包括第三方的名称、地址、联系方式等，以便在合同履行过程中能够准确联系到第三方。

2. 明确付款方式：

   • 约定第三方付款的具体方式，如银行转账、现金支付等，并明确付款的账户信息。

3. 明确付款时间：

   • 约定第三方付款的具体时间或付款期限，以确保合同能够按时履行。

4. 明确付款条件：

   • 约定第三方付款的条件，如甲方完成某项义务后第三方才付款，或者第三方在收到甲方提供的某种凭证后才付款等。

5. 约定违约责任：

   • 明确如果第三方未能按时付款或拒绝付款，甲乙双方应如何承担责任，以及应采取的措施。例如，可以约定如果第三方未能按时付款，甲方有权要求乙方承担违约责任，或者甲方有权直接向第三方追索款项等。

三、合同约定第三方付款的法律后果

1. 对甲乙双方的权利义务影响：

   • 约定第三方付款后，甲乙双方的权利义务将受到该约定的影响。例如，甲方将款项支付给第三方后，即视为履行了付款义务；乙方在收到第三方支付的款项后，即视为收到了甲方的付款。

2. 对第三方的影响：

   • 第三方成为合同付款义务的主体后，将承担相应的付款责任。如果第三方未能按时付款或拒绝付款，将可能面临法律纠纷和违约责任。

四、建议

1. 在合同中详细载明第三方付款的相关条款：

   • 包括第三方的具体信息、付款方式、付款时间、付款条件以及违约责任等，以确保合同履行过程中权利义务清晰，避免产生纠纷。

2. 在约定第三方付款前进行充分的调查和了解：

   • 了解第三方的信用状况、付款能力等，以确保第三方能够按时履行付款义务。

3. 在合同履行过程中保持与第三方的沟通：

   • 及时了解第三方的付款情况，如果发现第三方存在付款问题，应及时采取措施解决。

总结：甲乙双方在合同中约定由第三方付款是合法的，但需注意明确第三方的具体信息、付款方式、付款时间、付款条件等内容，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。