用工程款支付居间费是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法情形
居间合同合法有效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第九百六十一条，居间合同是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。若居间合同真实、有效，且居间人确实履行了促成项目签约、提供透明服务等义务，那么用工程款支付居间费是合法的。
- 关键点：合同内容需明确居间服务范围、计费标准，且双方需依法纳税。
居间行为合规：
- 居间人必须如实报告与订立合同有关的重要事实，不得隐瞒或提供虚假情况。若居间行为合法合规，未涉及权钱交易、虚假居间、招投标操纵等违法行为，那么用工程款支付居间费也是合法的。
- 举例：居间人引荐适格承包商，协助完成资质审查，推动双方达成合意，且未收取任何不正当利益。
二、非法情形
居间合同无效：
- 若居间合同存在欺诈、胁迫、重大误解等导致合同可撤销的情形，或者合同内容违反法律法规强制性规定（如为违法工程提供媒介服务），那么该合同无效，用工程款支付居间费也是非法的。
- 后果：相关款项可能被追缴，并引发民事无效、行政处罚乃至刑事责任。
居间行为违法：
- 若居间人利用公职人员职权或商业贿赂影响招标结果，或者未提供真实服务而虚构“关系费”“好处费”，那么用工程款支付此类非法居间费是违法的。
- 举例：居间人通过行贿手段促成工程交易，或者虚构与某领导的亲密关系以收取高额居间费。
工程合同违法：
- 若居间事项系促成签订违反法律法规强制性规定的无效建设工程施工合同（如未取得必要审批手续的项目），那么用工程款支付此类非法工程的居间费也是非法的。
- 后果：可能面临合同无效、居间费返还等法律后果。
三、风险防控建议
签订合法有效的居间合同：
- 明确合同主体、居间服务内容、费用标准、支付方式等条款，确保合同内容合法合规。
确保居间行为合法合规：
- 居间人应如实报告与订立合同有关的重要事实，不得隐瞒或提供虚假情况。同时，应遵守国家法律法规，不得从事违法违规行为。
审查工程合同合法性：
- 在促成工程合同前，应审查工程是否符合国家的产业政策、投资规划和建设要求，确保工程合同合法有效。
依法纳税：
- 居间人应按时申报和缴纳税款，避免因税务问题而引发法律风险。
总结来看，用工程款支付居间费是否合法，取决于居间合同的合法性、居间行为的合规性以及工程合同的合法性。若您在此方面遇到法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。