当法院确认行政行为程序违法时，其判决方式及后续处理会依据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定进行，具体分析如下：

一、判决方式

1. 撤销或部分撤销

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条，若行政行为存在违反法定程序的情形，人民法院可判决撤销或部分撤销该行政行为。这意味着违法的行政行为将失去法律效力，或仅部分失去法律效力。例如，若某行政机关在作出行政处罚时未遵循法定程序，法院可能会判决撤销该处罚决定。

2. 确认违法但保留效力

   • 在某些情况下，虽然行政行为程序违法，但若撤销该行为会给国家利益或社会公共利益造成重大损害，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条第一款第（一）项，人民法院会判决确认该行政行为违法，但不撤销，即保留其法律效力。例如，若某行政行为涉及公共安全，且撤销该行为可能导致严重后果，法院可能会选择确认违法但保留效力。
   • 若行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响，同样适用此规定，确认违法但保留效力。

3. 履行判决

   • 若被告不履行或拖延履行法定职责，且这种不履行或拖延履行没有正当理由，人民法院可根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十二条判决被告在一定期限内履行。例如，若行政机关无正当理由不颁发许可证，法院可要求其限期作出是否颁发的决定。这虽非直接针对程序违法的判决，但在程序违法导致未履行职责时可能适用。

4. 赔偿判决

   • 若行政行为程序违法给原告造成了损失，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十六条，人民法院在判决确认违法或撤销的同时，可判决被告承担赔偿责任。例如，若某行政行为导致原告财产损失，法院可能会判决被告赔偿相应损失。

5. 确认无效

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十五条，若行政行为存在实施主体不具有行政主体资格或没有依据等重大且明显违法情形，且原告申请确认行政行为无效的，法院将判决确认该行政行为无效。

二、后续处理

1. 重新作出行政行为

   • 被撤销的行政行为若因程序问题而失效，行政机关需在法定期限内重新依法作出行政行为。这有助于确保行政行为的合法性和有效性。

2. 执行与监督

   • 判决生效后，相关方需按判决内容执行。法院和上级行政机关会对执行情况进行监督，确保判决得到有效落实。这有助于维护法律的权威性和公信力。

3. 上诉与再审

   • 当事人对一审判决不服可在法定期限内提起上诉。若认为已生效判决有误，还可通过审判监督程序申请再审。这有助于保障当事人的合法权益和司法公正。

建议：若您面临行政行为程序违法的情况，建议及时收集相关证据，并咨询专业律师以了解具体的法律途径和维权策略。同时，保持与行政机关的沟通，以便在必要时寻求协商解决。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。