结论：上游公司的行为是否违法，需结合具体情况判断，但很可能涉及违约或欺诈等违法行为。
分析：
合同关系角度：
- 医药公司与上游公司之间存在货物买卖合同关系。根据合同法的相关规定，合同双方应当按照约定履行各自的义务。
- 医药公司已经按照合同约定支付了货款，上游公司则应当按照合同约定提供相应的货物。
- 如果上游公司未按照合同约定提供货物，而是拿了别的货，这明显违反了合同约定，构成违约行为。
欺诈行为角度：
- 如果上游公司在明知无法提供合同约定货物的情况下，仍然收取医药公司的货款，并故意隐瞒真相或提供虚假信息，诱导医药公司支付货款，那么这种行为可能构成欺诈。
- 欺诈行为不仅违反了合同法，还可能触犯刑法中的诈骗罪等相关规定。
法律后果角度：
- 对于上游公司的违约行为，医药公司有权要求上游公司承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、继续履行合同等。
- 如果上游公司的行为构成欺诈，医药公司还可以向公安机关报案，要求追究上游公司的刑事责任。
建议：
- 医药公司应当首先与上游公司进行沟通，要求其按照合同约定提供货物或承担违约责任。
- 如果沟通无果，医药公司可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
- 在处理纠纷过程中，医药公司应当注意保留相关证据，如合同、付款凭证、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
进一步思考：
- 医药公司在与上游公司签订合同时，应当明确约定货物的品种、规格、数量、质量等关键条款，以及违约责任和争议解决方式等。
- 医药公司还可以考虑在合同中约定定金或违约金等条款，以增加上游公司的违约成本，降低违约风险。
- 在日常经营中，医药公司应当加强对上游公司的信用评估和风险管理，避免与信用不良或存在欺诈行为的上游公司进行合作。
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