与小三签订的三方协议，在大多数情况下是无效的，因为其往往违反公序良俗原则，但在特定合法情形下可能部分有效。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常无效的情况
违反公序良俗：
- 公序良俗是社会公共秩序和善良风俗的统称，是民事活动应当遵循的基本原则。与小三签订的协议，如果涉及破坏他人婚姻关系或财产的不正当分配，如约定一方长期维持不正当关系以获取经济利益，或者通过不正当手段获取配偶方财产等，这类明显违背公序良俗的协议，法院通常是不会支持其效力的。
损害合法配偶权益：
- 如果协议内容损害了合法婚姻中另一方的权益，如未经合法配偶同意，擅自处分夫妻共同财产，那么该协议也可能被认定为无效。
二、特殊有效的情况
纯粹财产分割等合法事项：
- 如果协议是关于双方之间纯粹的财产分割等合法事项，且是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形，在满足一定条件时可能会被认定为有效。例如，双方曾有经济合作，对合作所得财产进行合理分割的协议。但这种情况较为特殊，且需要严格满足法律条件。
不影响合法配偶权益：
- 如果协议内容不涉及对婚姻关系的不当干预，且不影响合法配偶的权益，如小三与一方就此前的财产赠与等进行合理分割约定，且财产来源合法，那么该协议在双方之间可能部分有效。但这也需根据具体情况分析判断。
三、协议编写的注意事项
明确协议性质：
- 在编写协议时，首先要明确协议的性质和目的。如果协议涉及财产处置等事项，需确保协议内容不违背法律法规的强制性规定，不损害国家利益、集体利益或他人合法权益。
双方具有相应民事行为能力：
- 签订协议时，双方应具有相应的民事行为能力，即能够理解自己行为并对行为后果负责。如果一方或双方不具备民事行为能力，那么协议可能无效。
真实意思表示：
- 协议内容应是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果协议是在欺诈、胁迫等情况下签订的，那么受损害方有权请求法院或仲裁机构予以撤销。
不违反法律、行政法规的强制性规定：
- 协议内容不能违反法律、行政法规的强制性规定。如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该协议可能无效。
不违背公序良俗：
- 协议内容不能违背公序良俗原则。如果协议内容违背了公序良俗原则，如涉及破坏他人婚姻关系或财产的不正当分配等，那么该协议可能无效。
四、法律后果与风险提示
法律后果：
- 如果与小三签订的协议被认定为无效，那么双方可能无法依据协议内容主张权利或履行义务。此外，如果协议内容涉及违法行为，如欺诈、胁迫等，那么相关方还可能承担法律责任。
风险提示：
- 与小三签订协议存在较大的法律风险。因为这类协议往往涉及道德伦理等复杂因素，在法律上的认定较为谨慎。此外，如果协议内容损害了合法配偶的权益，配偶有权向法院主张该协议部分或全部无效。因此，在签订这类协议前，建议谨慎考虑并咨询专业律师的意见。
总结来说，与小三签订的三方协议在大多数情况下是无效的，但在特定合法情形下可能部分有效。在编写这类协议时，需要严格遵守法律法规和公序良俗原则，并确保协议内容真实、合法、有效。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。