针对您提出的“重新申请伤残鉴定但对方不配合，法院怎么办”的问题，这是一个涉及司法程序和当事人权益保障的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、被鉴定人拒不配合重新鉴定的原因

1. 客观因素：被鉴定人可能认为原先的鉴定结论程序合法、鉴定人员资质合格，且结论客观有据，因此拒绝重新鉴定。

2. 心理因素：出于对重新鉴定可能改变原先鉴定结论的担忧，或者担心不同鉴定机构对相同伤情作出不同结论，被鉴定人可能选择拒不配合。

3. 立法因素：虽然法律赋予了当事人申请重新鉴定的权力，但并未明确规定被鉴定人必须配合的义务，导致被鉴定人可能利用这一法律盲区拒不配合。

二、被鉴定人拒不配合的法律后果

1. 案件久拖不决：重新鉴定是法定中止审理的事由之一。若被鉴定人拒绝配合，鉴定无法进行，案件恢复审理遥遥无期。

2. 案件难以裁判：鉴定结论往往是人民法院进行裁判的重要证据。缺失关键证据，人民法院进行裁判将失去根基。

3. 滋生涉诉信访：当事人可能认为先前的鉴定结论有猫腻，转而采取信访方式维护权益，影响司法公信。

4. 司法失去公信：案件久拖不决、难以裁判，可能导致人民群众对司法产生怀疑，冲击司法公信力和社会认同度。

三、法院的处理方式

1. 立法规制建议：

   • 立法应明文规定被鉴定人具有配合重新鉴定、协助人民法院查明案件事实的义务。
   • 对于拒不配合的被鉴定人，法院可以对其处以罚款、拘传，甚至以妨碍诉讼为由进行拘留等强制措施。

2. 审判规制措施：

   • 根据《民事诉讼法》和《证据规定》，若被鉴定人提交的鉴定结论存在疑点且拒不配合重新鉴定，法院可以推定其伤残鉴定不成立，由其承担举证不能的法律后果。
   • 法院可以将被鉴定人的病历及先前鉴定结论送往专门鉴定机构作书面审查，重新作出鉴定结论作为审判依据。

3. 实际操作建议：

   • 在当前法律框架下，法院可以积极与被鉴定人沟通，解释重新鉴定的必要性和法律后果，争取其配合。
   • 若被鉴定人仍拒不配合，法院可以依据现有证据和法律规定，结合案件实际情况，作出公正裁判。
   • 同时，法院可以向上级法院或立法机关提出完善相关立法的建议，以解决被鉴定人拒不配合重新鉴定的法律盲区。

四、总结与建议

被鉴定人拒不配合重新鉴定是一个复杂且亟待解决的问题。在当前法律框架下，法院应积极采取措施，包括立法规制、审判规制以及实际操作中的沟通与解释工作，以维护司法公正和当事人权益。同时，建议立法机关尽快完善相关立法，明确被鉴定人配合重新鉴定的义务及拒不配合的法律后果，为司法实践提供有力支持。