以秘密文件印发侵害权益的行政行为，通常属于违法。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、行政行为合法性的基本要求

行政行为必须遵循法定程序，确保公开、公正、公平。秘密文件印发，往往意味着行政行为的作出过程缺乏透明度，不符合行政程序公开的要求。根据行政法的基本原则，行政行为的作出应当遵循法定程序，保障公民的知情权、参与权和监督权。若行政行为以秘密文件的形式印发，且该行为直接侵害了公民的合法权益，那么该行政行为很可能因违反法定程序而构成违法。

二、秘密文件印发与行政行为违法性的关联

1. 程序违法：行政行为的作出应当遵循一定的程序，包括告知、听证、说明理由等。若行政机关以秘密文件的形式印发行政行为，且未依法履行相关程序，如未告知相对人、未听取相对人意见等，则构成程序违法。

2. 实体违法：除了程序违法外，若秘密文件印发的内容本身违反了法律法规的规定，如超越职权、滥用职权、违反法定职责等，则构成实体违法。这种情况下，行政行为不仅因形式上的秘密性而违法，更因其内容上的违法性而受到法律制裁。

三、具体情境下的违法性判断

1. 若秘密文件印发的内容直接侵害了公民的合法权益：如未经合法程序征收土地、房屋，或未经合法程序剥夺公民的财产权、人身权等，则该行政行为构成违法。此时，公民有权依法提起行政诉讼或申请行政复议，要求撤销或变更该行政行为。

2. 若秘密文件印发的内容虽未直接侵害公民的合法权益，但违反了法律法规的强制性规定：如违反了行政许可法、行政处罚法等相关法律法规的规定，则该行政行为同样构成违法。这种情况下，虽然公民的直接权益可能未受侵害，但行政行为的违法性仍然存在，且可能对公共利益造成损害。

四、法律后果与救济途径

1. 法律后果：对于违法的行政行为，行政机关可能面临被撤销、变更或确认违法的法律后果。同时，相关责任人员还可能受到行政处分或刑事责任的追究。

2. 救济途径：公民认为行政行为违法的，可以依法提起行政诉讼或申请行政复议。在诉讼或复议过程中，公民可以要求行政机关提供作出行政行为的证据和依据，以证明其行为的合法性。若行政机关无法提供充分证据或依据，则行政行为可能被撤销或变更。

建议：若您遇到以秘密文件印发侵害您权益的行政行为，建议您及时收集相关证据，如文件复印件、通信记录等，并咨询专业律师（即我本人，李肖峰律师，专注于行政纠纷等领域），以便更好地维护您的合法权益。