当机动车在机动车道临时停车被电瓶车追尾时，处理流程应遵循以下步骤，以确保双方权益得到妥善处理：
一、确保现场安全与初步应对
- 立即开启危险报警闪光灯：若车辆可以移动，应尽快将车辆移至不影响交通的地方，避免造成交通拥堵或二次事故。若无法移动，应在车后设置三角警示牌。
- 查看伤者情况：检查电瓶车驾驶者的伤势，如情况严重，应立即拨打120急救电话。对于轻微伤势，也应提供必要的帮助和询问其身体状况。
二、明确事故责任
事故责任的具体划分需根据现场情况和交通法规来判断：
- 若机动车合规停车：即机动车在允许临时停车的机动车道内，且按照规定开启了警示信号灯，那么电瓶车因未保持安全距离或未注意观察路况导致的追尾，主要责任多在电瓶车驾驶者。
- 若机动车违规停车：如机动车停在了禁止停车的区域，或者停车方式影响了正常交通秩序，那么机动车驾驶者可能需要承担一部分责任。具体责任划分需由交通管理部门根据现场勘查、车辆检验、当事人陈述等证据来综合判定。
三、报警与通知保险公司
- 拨打122报警：准确报告事故发生的时间、地点、车辆情况等信息，等待交警到来进行勘查和责任认定。
- 通知保险公司：及时拨打保险公司客服电话报案，按照保险公司的指引进行后续操作，如提供事故现场照片、车辆信息等。
四、收集证据与记录信息
在等待交警到来的过程中，应尽可能收集以下证据：
- 拍摄事故现场照片，包括碰撞位置、车辆外观、道路标识等。
- 保留行车记录仪视频资料，如果可能的话，记录监控摄像头的位置。
- 如有目击证人，应留下其联系方式以便后续联系。
五、与对方沟通协商
保持冷静和理性，与电瓶车驾驶者友好沟通，不要争执或发生冲突。简单了解对方的骑行情况，交换双方信息，但切记不要自行认定事故责任，应等待交警的正式责任认定。
六、配合交警与保险公司工作
- 如实向交警陈述事故发生经过，提供所需证件和资料。
- 配合保险公司查勘人员定损，提供相关资料和证据。
七、后续处理与法律途径
- 等待交通事故责任认定书：这是赔偿的重要依据，应妥善保管。
- 保险理赔：根据责任认定结果和保险公司的理赔流程进行理赔。如双方在赔偿问题上存在争议，可通过交警调解或向人民法院提起民事诉讼解决。
- 寻求法律帮助：如对责任认定有异议或处理过程中遇到困难，应及时咨询专业律师以维护自身合法权益。
综上所述，处理机动车在机动车道临时停车被电瓶车追尾的事故时，应确保现场安全、明确事故责任、及时报警并通知保险公司、收集证据与记录信息、与对方沟通协商、配合交警与保险公司工作，并根据责任认定结果进行后续处理。如遇争议或困难，可寻求法律途径解决。