结论前置：
- 若法院判决已明确房屋归属乙方，甲方仍办理至自己名下，相关费用原则上应由甲方承担，但具体需结合判决内容、执行情况及双方协议确定。
- 若因甲方行为导致乙方额外损失，乙方有权要求甲方赔偿。
详细分析：
首先，我们需要明确的是，法院判决是具有法律效力的，它明确了房屋的所有权归属。在本案例中，法院已经判决房屋归乙方所有，那么甲方就应当尊重并执行这一判决。
一、房产证办理费用的承担
正常情况下的费用承担：
- 在房屋产权转移过程中，通常会产生一些费用，如契税、印花税、登记费等。这些费用在正常情况下，会根据房屋买卖合同或相关法律规定，由买卖双方按照约定或法定比例承担。
- 但在本案例中，由于法院已经判决房屋归乙方所有，且甲方在明知判决结果的情况下仍办理房产证至自己名下，这一行为可能被视为对法院判决的不尊重或违反。因此，从法律原则和公平角度出发，甲方应当承担因自己不当行为而产生的额外费用。
特殊情况下的费用承担：
- 如果法院判决中明确规定了房产证办理费用的承担方，那么应当按照判决执行。
- 如果双方在判决前或判决后达成了关于费用承担的协议，且该协议不违反法律规定和公序良俗，那么也应当按照协议执行。
二、甲方行为的法律后果
对法院判决的违反：
- 甲方在明知法院判决房屋归乙方所有的情况下，仍办理房产证至自己名下，这一行为可能构成对法院判决的违反。乙方有权向法院申请强制执行，要求甲方将房产证过户至自己名下，并可能要求甲方承担因违反判决而产生的额外费用。
对乙方的损害赔偿：
- 如果甲方的行为导致乙方产生了额外的损失（如因房产证未及时过户而导致的交易机会丧失、额外租金支出等），乙方有权要求甲方进行赔偿。
三、建议与措施
乙方应尽快向法院申请强制执行：
- 乙方应持法院判决书和相关证据，向法院申请强制执行，要求甲方将房产证过户至自己名下。
保留相关证据：
- 乙方应保留好与房屋产权相关的所有证据，包括法院判决书、房产证办理过程中的相关文件、费用支出凭证等，以备不时之需。
咨询专业律师：
- 如果乙方在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，应及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此在处理类似问题时，应充分考虑案件的具体情况和相关法律规定。如果您有任何进一步的疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。