当企业所持有的土地证上的40年土地使用权到期后，通常会有以下几种处理方式，我会为您详细解析：

一、申请续期

1. 法律依据：

• 根据《中华人民共和国民法典》第三百五十九条第二款，非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，需依照法律规定办理。
• 《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第四十一条也明确规定，土地使用权期满，土地使用者可以申请续期。

2. 申请程序：

• 土地使用者应在土地使用权期满前的一定时间内（通常为一年至六个月，具体期限可能因地区而异）向当地土地管理部门提交续期申请书。
• 土地管理部门会对申请进行审查，主要考察地块使用是否符合城市规划要求，以及是否存在公共利益等特殊需求。

3. 续期费用：

• 若申请获得批准，土地使用者需重新签订土地使用权出让合同，并支付相应的土地使用权出让金。
• 出让金的具体金额会综合考虑当时的土地市场价格、地块位置、用途等多种因素。

4. 续期期限：

• 新的使用期限通常与原来规定的年限相同，但也可能因地区和具体情况而有所不同。

二、国家收回土地及地上建筑物

1. 收回条件：

• 若土地使用者未申请续期，或虽申请但未获批准（例如因公共利益需要被征收），土地使用权将由国家无偿收回。

2. 注销登记与交还土地：

• 原土地使用者需按规定办理土地使用权注销登记手续，并将土地交还国家。

3. 地上建筑物处理：

• 对于土地上的建筑物和其他附着物，处理方式会依据土地出让合同中的约定或相关法律规定进行。
• 若合同中有明确约定，则按约定执行；若无约定，则需依据具体法律法规和实际情况判定是否给予补偿。

三、注意事项与建议

• 地区差异：不同地区的具体政策和操作流程可能存在差异，因此建议企业在处理土地使用权到期问题时，首先咨询当地自然资源主管部门或专业律师，以获取准确指导。
• 提前规划：企业应提前了解相关政策，并在规定时间内做出决策，以确保自身权益不受损害。
• 合规操作：在处理过程中，企业应确保所有操作都符合法律法规要求，避免因违规操作而引发不必要的法律风险。

综上所述，当企业土地证上的40年土地使用权到期后，可以选择申请续期或面临国家无偿收回土地的情况。具体处理方式需根据法律法规、地方政策及实际情况综合判断。希望这些信息能对您有所帮助。