在电子代理报关中，即使委托关系已确认，仍然需要签订委托协议。以下是对此问题的详细分析：

一、委托关系与委托协议的区别与联系

1. 委托关系：是进出口货物收发货人与报关企业之间建立的一种法律关系，表明双方有意愿进行代理报关活动。这种关系的建立是后续签订委托协议和进行报关活动的基础。
2. 委托协议：是进出口货物收发货人与报关企业根据《海关法》的要求签署的，明确具体委托报关事项和双方责任的具有法律效力的文件。它是报关单的随附单据，是报关活动中不可或缺的一部分。

二、为何需要签订委托协议

1. 法律要求：根据《海关法》及相关规定，代理报关活动需要明确的委托协议来规范双方的权利和义务。
2. 明确责任：委托协议中详细列明了报关的具体事项、双方的责任和义务，以及违约责任等，有助于在报关活动中明确各方责任，避免纠纷。
3. 报关需要：委托协议是报关单的随附单据，是海关审核报关资料时的重要依据。没有委托协议，报关活动可能无法顺利进行。

三、实际操作中的注意事项

1. 分别签订：新系统取消了老系统建立委托关系时必须签订一票委托协议的限制，支持分别签订委托关系和委托协议。这意味着在建立委托关系后，还需要单独签订委托协议。
2. 自动生成与手动签订：系统支持自动生成电子代理报关委托协议功能，但这也需要基于有效的委托关系，并且经营单位需要选择开启委托协议自动确认功能。如果未开启此功能，则需要手动签订和确认委托协议。
3. 委托关系变更：在委托关系有效期内，如果需要对委托事项进行变更，如延长有效期或变更委托内容等，也需要通过系统发起委托关系变更申请，并经另一方确认后生效。这同样需要以有效的委托关系为基础。

四、法律后果

如果未签订委托协议而进行报关活动，可能会面临以下法律后果：

1. 海关处罚：海关在审核报关资料时，如果发现缺少委托协议等必要单据，可能会对报关企业或进出口货物收发货人进行处罚。
2. 纠纷风险：在没有明确委托协议的情况下，如果报关活动中出现纠纷或问题，双方可能难以明确责任和义务，导致纠纷难以解决。

建议：在电子代理报关中，务必在建立委托关系后签订委托协议，以确保报关活动的合法性和顺利进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。