民办非企业单位在一定条件下可以作为股东投资公司，但需遵循相关法律法规及当地市场主体登记机构的要求，并充分考虑其非营利性性质可能带来的法律风险和合规问题。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与实际操作
法律依据：
- 《民办非企业单位登记管理暂行条例》主要强调民办非企业单位的非营利性，但并未直接禁止其作为股东投资企业。
- 历史文件（虽已废止）如《国家工商行政管理局关于企业登记管理若干问题的执行意见》曾提及，具备法人资格的社会团体、事业单位及民办非企业单位可以作为公司股东或投资开办企业法人，这表明在法律层面，民办非企业单位作为股东并非完全不可行。
实际操作：
- 在实际操作中，一些地方的市场主体登记机构对民办非企业单位作为股东并未设置明确限制。例如，某些地方政府公布的办事指南中明确提到，股东为民办非企业单位的，需提交相应的证书复印件。
二、作为股东的争议与风险
非营利性性质：
- 民办非企业单位的核心宗旨是向社会提供公益服务，而非追求营利。这一非营利性性质可能导致其在作为股东时面临一定的法律和道德风险，特别是当投资行为与公益宗旨产生冲突时。
《公司法》要求：
- 《中华人民共和国公司法》对股东的条件进行了规定，如具有民事行为能力、能够承担民事责任等。虽然民办非企业单位具有独立的民事主体资格，但其并不具备自然人的民事行为能力，这在一定程度上可能引发对其作为股东资格的质疑。
三、综合建议
咨询专业机构：
- 由于法律边界的模糊性和各地实际操作的差异，民办非企业单位在考虑作为股东投资公司时，应首先咨询当地的市场主体登记机构或专业律师，以获取准确的信息和指导。
审慎评估风险：
- 民办非企业单位应充分评估投资行为与其非营利性宗旨的契合度，以及可能面临的法律风险和合规问题。在确保投资行为符合法律法规和自身宗旨的前提下，谨慎作出决策。
完善内部治理：
- 民办非企业单位应加强内部治理结构的完善，确保投资决策的科学性和合理性。同时，应建立健全的投资管理制度和风险防控机制，以保障投资活动的稳健进行。
总结：民办非企业单位在符合相关法律法规、当地市场主体登记机构要求，并充分考虑其非营利性性质可能带来的法律风险和合规问题的前提下，可以作为股东投资公司。但在此过程中，务必谨慎评估风险，确保投资行为符合法律法规和自身宗旨，并咨询专业机构以获取准确的信息和指导。