善意取得的赃物，公安机关在符合法定条件的情况下是可以扣押的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律原则与制度目的
善意取得制度旨在保护善意第三人的合法权益与交易安全，确保市场交易的稳定性和可预测性。然而，这一制度并不绝对排除公安机关在刑事案件侦查中的扣押权。当善意取得的物品与刑事案件相关，且满足法定扣押条件时，公安机关有权依法进行扣押。这是为了追缴赃物、维护社会秩序以及保护受害者的合法权益。
二、扣押的法定条件
物品与案件相关：公安机关扣押的物品必须与正在侦查的刑事案件有直接关联，可能是犯罪所得、犯罪工具或其他与犯罪行为有关的物品。
满足法定扣押程序：扣押行为必须遵循法定程序，包括出示扣押决定书、告知扣押理由和依据、制作扣押清单等。这些程序旨在保障被扣押人的合法权益，防止扣押权的滥用。
三、扣押后的处理
甄别善意取得情况：在扣押善意取得的赃物后，公安机关需要甄别是否构成善意取得。如果确认构成善意取得，且物品并非违禁品或涉及其他严重违法情形，公安机关在后续处理时应依法保障善意取得人的合法权益。
返还或赔偿：若最终认定善意取得成立，且物品不涉及违法犯罪等严重情形，公安机关应及时将物品返还给善意取得人。如果因扣押行为给善意取得人造成损失，善意取得人可以依法向无处分权人请求赔偿。
四、实际案例分析
以小李购买被盗摩托车为例，小李从小胡处以合理价格购买了一辆二手摩托车，并已实际交付使用。然而，后来公安机关调查发现该摩托车是被盗赃物，并依法对其进行了扣押。小李认为自己是善意第三人，不应被扣押车辆。在这个案例中，虽然小李构成了善意取得，但摩托车作为赃物与刑事案件相关，且满足法定扣押条件，因此公安机关有权依法扣押。不过，在后续处理中，如果确认小李是善意取得，且摩托车不涉及其他严重违法情形，公安机关应及时将摩托车返还给小李。
五、建议与注意事项
保留交易证据：作为善意取得人，在交易过程中应尽可能保留相关证据，如交易合同、付款凭证等，以证明自己的善意和交易的合法性。
及时咨询律师：如果遇到公安机关扣押善意取得的赃物的情况，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何维护自己的合法权益。
配合公安机关工作：在公安机关进行扣押等侦查活动时，应积极配合其工作，提供必要的协助和信息。
作为专业律师，我建议您在遇到类似法律问题时，及时向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。