当公司收到赃款时，这确实是一个复杂且需要谨慎处理的问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、立即停止处置赃款
一旦公司发现收到的款项可能是赃款，首要任务是立即停止对该款项的任何处置，包括但不限于使用、转移或投资等。这是为了避免进一步扩大法律风险，并确保款项的完整性，以便后续配合司法机关的调查。
二、民事层面的处理
善意取得情况：
- 如果公司是在不知情的情况下，且支付了合理对价等法定情形下收到赃款，可能构成善意取得。在这种情况下，公司或许不需要直接返还赃款，但应当配合司法机关的调查，并说明自身在收受款项过程中的主观状态和实际情况。
- 然而，如果司法机关依法进行追缴，公司仍需积极配合，提供必要的证据和信息。
非善意取得情况：
- 如果公司并非善意取得赃款，即明知或应知款项为赃款而仍然收受，那么公司可能面临将赃款返还给真正权利人或司法机关的义务。
- 此外，公司还可能因占有赃款期间导致的利息等损失而承担赔偿责任。
三、刑事层面的处理
报告义务：
- 公司一旦察觉到是赃款，就有责任立即向司法机关（如公安机关）进行报告。这是公司的法定义务，也是避免刑事风险的关键步骤。
刑事责任风险：
- 如果公司明知是赃款而仍然收受、使用或协助掩饰、隐瞒其来源等行为，可能涉嫌掩饰、隐瞒犯罪所得、犯罪所得收益罪等刑事犯罪。
- 根据《刑法》的相关规定，单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照规定处罚。量刑会根据情节轻重而定，情节一般的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
配合调查：
- 公司应当主动配合司法机关的调查，提供相关的交易记录、合同、发票等证据，以证明自身在收受款项过程中的主观状态和实际情况。
- 通过积极配合调查，公司可以展示其诚意和合作态度，有助于减轻或避免法律责任。
四、后续问题的应对
公司信誉修复：
- 即便妥善处理了赃款问题，公司的信誉也可能受到影响。此时，公司应积极采取措施修复信誉，如加强内部管理、公开透明地处理相关事宜、加强与合作伙伴的沟通等。
民事纠纷应对：
- 如果因收到赃款而引发了一系列民事纠纷，如合作伙伴要求赔偿损失等，公司应积极应对，通过法律途径解决纠纷。同时，公司也可以考虑与合作伙伴进行协商，寻求和解或调解等解决方案。
综上所述，当公司收到赃款时，应立即停止处置该款项，并根据民事和刑事层面的不同情况采取相应的处理措施。同时，公司还应积极应对后续可能出现的信誉修复和民事纠纷等问题。