国企部门经理与普通员工存在亲属关系且在同一部门工作时，通常需要回避，但具体是否需要回避还需结合国企内部规章制度及亲属关系的具体情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、国企内部规章制度角度

1. 回避制度的一般规定：

   • 许多国企为了维护内部管理的公正性和效率，会制定回避制度。这些制度通常规定，具有特定亲属关系的员工不得在同一部门或具有直接上下级关系的岗位上工作。
   • 回避制度的具体内容可能因国企而异，但一般都会涵盖直系亲属（如父母、子女、配偶）和近姻亲关系（如配偶的父母、兄弟姐妹等）。

2. 部门经理与普通员工的回避：

   • 如果国企的回避制度明确规定了部门经理与普通员工之间的亲属关系需要回避，且该亲属关系属于制度规定的范畴，那么部门经理与普通员工就需要回避。
   • 回避的方式可能包括调整岗位、部门间调动等，以确保工作的公正性和效率。

二、亲属关系具体情况角度

1. 直系亲属关系：

   • 如果部门经理与普通员工是直系亲属关系（如父子、母女、夫妻等），那么根据大多数国企的回避制度，他们很可能需要回避。
   • 这是因为直系亲属关系可能引发利益冲突，影响工作的公正性和效率。

2. 非直系亲属关系：

   • 如果部门经理与普通员工是非直系亲属关系（如表亲、堂亲等），那么是否需要回避可能取决于国企内部规章制度的具体规定。
   • 有些国企可能将非直系亲属关系也纳入回避制度的范畴，而有些则可能不纳入。

三、实际操作建议

1. 查阅国企内部规章制度：

   • 如果您是国企员工或相关方，建议首先查阅国企内部的规章制度，了解回避制度的具体规定。
   • 这将帮助您判断部门经理与普通员工是否需要回避。

2. 咨询人力资源部门：

   • 如果您对国企内部规章制度的理解存在疑问，或者规章制度中没有明确规定，建议咨询人力资源部门。
   • 人力资源部门通常负责员工关系的维护和管理，能够为您提供专业的建议和指导。

3. 考虑实际工作影响：

   • 在判断是否需要回避时，还应考虑实际工作的影响。
   • 如果部门经理与普通员工的亲属关系可能引发利益冲突或影响工作的公正性和效率，那么即使规章制度中没有明确规定，也应考虑采取回避措施。

如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况和国企的内部规章制度，为您提供专业的法律意见和指导。