当分公司不再继续运营时，关于员工的赔偿问题，主要依据《劳动合同法》及相关规定来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿主体
分公司通常不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，当分公司不再运营时，赔偿的主体是总公司。这意味着，员工应向总公司寻求经济补偿。
二、经济补偿的计算
工作年限：经济补偿按劳动者在本单位（这里指的是分公司，但责任由总公司承担）工作的年限计算。每满一年，支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。
月工资标准：月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按职工月平均工资的三倍数额支付，但支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
三、赔偿流程
确认劳动关系及权益：员工首先需要确认自己与分公司的劳动关系存续时间、工资标准、加班情况等，并收集相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便后续维权。
与分公司或总公司协商：员工可以尝试与分公司或总公司就经济补偿等问题进行协商。如果协商达成一致，应签订书面协议，明确补偿金额、支付时间等细节。
法律途径维权：如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。在整个过程中，员工要注意收集并保留相关证据，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况处理
如果分公司有独立的用人资格（尽管这种情况较为少见），并且与员工的劳动关系解除，那么分公司应直接支付经济补偿。但如果分公司无力支付，员工仍然可以要求总公司承担支付义务。
五、后续事宜
除了经济补偿外，员工还需要配合分公司办理工作交接，并要求公司出具解除劳动合同的证明。该证明是员工领取失业保险金及重新就业的重要材料。
综上所述，当分公司不再运营时，员工应向总公司寻求经济补偿，并按照相关法律法规和流程来维护自己的合法权益。如果遇到任何问题或困难，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取帮助。