协议搬迁与集体土地使用权证注销无必然联系，是否注销需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 协议搬迁的性质与目的
   协议搬迁通常指集体经济组织或村民与搬迁方（如政府、开发商）通过协商达成搬迁补偿协议，其核心是“自愿”与“协商”，区别于行政强制拆迁。若搬迁后土地用途未发生根本性变化（如仍为集体所有或转为国有但未开发），则无需立即注销集体土地使用权证。

2. 土地使用权证注销的法定条件
   根据《土地管理法》及相关规定，集体土地使用权证注销需满足以下条件之一：

   • 土地被依法征收为国有（需经省级以上政府批准并公告）；
     
   • 土地使用权因自然灭失（如地震导致土地消失）；
     
   • 土地使用权人主动申请注销（如放弃使用权）。
     协议搬迁本身不构成注销的法定理由，除非搬迁后土地性质或权属发生法定变更。

3. 协议搬迁后的常见处理方式

   • 若土地转为国有并用于建设：需先完成征收程序，注销原集体土地使用权证，再办理国有土地使用权证。
     
   • 若土地仍为集体所有但重新分配：可能通过内部调整变更使用权人，原证注销并换发新证。
     
   • 若搬迁后土地闲置或复垦：可能保留使用权证但注明用途变更，或依申请注销。

4. 实务建议

   • 核查搬迁协议中是否约定土地权属处理条款；
     
   • 要求搬迁方提供土地性质变更的法定文件（如征收批复）；
     
   • 若对注销有异议，可申请行政复议或提起行政诉讼。

总结：协议搬迁不直接导致集体土地使用权证注销，是否注销需结合土地性质变更、权属调整等法定要件判断。如有具体案例或协议文本，可进一步分析。