如果发放林权证的程序不合法，您确实可以向法院申请撤销该林权证。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律依据与程序合法性要求

根据《中华人民共和国森林法》及相关规定，林地和林地上的森林、林木的所有权、使用权，由不动产登记机构统一登记造册，核发证书。这一过程中，必须严格遵守法定程序，包括摸底调查、公示、制定林改方案、勘界、签订合同、申请发证、审核、输机、发证前公示、颁证、建档等步骤。若发证机关在核发林权证的过程中违反了这些法定程序，如未进行充分的公示或未按照规定的流程进行审核，那么该颁证行为就可能被视为违法。

二、申请撤销林权证的途径

1. 行政诉讼：

   • 您作为利害关系人或林权权利人，可以向发证机关所在地的法院提起行政诉讼，要求法院撤销违法的林权证。
   • 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明发证机关的程序违法，如未按照法定程序进行公示、审核等。

2. 行政复议：

   • 在提起行政诉讼之前，您也可以先向发证机关的上一级行政机关申请行政复议，请求复议机关撤销违法的林权证。
   • 行政复议是一种相对快速、简便的解决行政争议的方式，如果复议机关认为发证机关的程序违法，可以作出撤销林权证的复议决定。

三、申请撤销林权证时需注意的事项

1. 证据收集：

   • 在申请撤销林权证时，您需要收集充分的证据来证明发证机关的程序违法。这些证据可能包括公示记录、审核文件、合同等。
   • 证据应当真实、合法、有效，能够充分证明您的主张。

2. 起诉期限：

   • 需要注意的是，申请撤销林权证有一定的起诉期限。一般来说，您应当在知道或者应当知道发证机关的程序违法之日起一定期限内（如六个月）提起行政诉讼或申请行政复议。
   • 如果超过了起诉期限，您可能会丧失撤销林权证的权利。

3. 法律后果：

   • 如果法院或复议机关认为发证机关的程序违法，并作出了撤销林权证的决定，那么该林权证将被视为无效。
   • 此后，相关当事人可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式重新确定权属，并按规定重新申请林权登记。

四、实际案例参考

以贵州黔西南的案例为例，该案中县政府为李某志颁发林权证的行为因程序违法而被法院撤销。法院认为县政府仅提交了第三榜公示内容作为证据，未按照规定的流程进行审核和公示，因此判决撤销了该林权证。这一案例充分说明了程序合法性在林权证颁发过程中的重要性。

总结与建议：

如果发放林权证的程序不合法，您完全有权向法院申请撤销该林权证。在申请过程中，您需要收集充分的证据来证明发证机关的程序违法，并注意起诉期限的问题。如果您在此过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。