针对您提出的“自建房打井违法怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。

首先，需要明确的是，地下水作为水资源的重要组成部分，其所有权归国家所有。根据《中华人民共和国水法》的相关规定，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。这一规定同样适用于自建房打井取水的情况，除非是家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水的除外情形。

若未经许可擅自打井取水，将构成违法行为。这种行为不仅可能造成水资源污染，过度开采还会导致地下水水位下降、引发地面沉降、破坏水土保持，进而制约经济社会的可持续发展。因此，国家对此类行为有严格的处罚措施。

以实际案例为例，曾有村民张某未经许可，擅自在家中打井取水，供给某建材公司用于生产经营。这一行为被平邑县综合行政执法局查处后，作出了罚款30000元，并责令7日内拆除供水设备的行政处罚决定。张某在法定期限内未申请行政复议，亦未提起行政诉讼，经催告后仍未履行行政处罚决定的相关义务。最终，平邑县综合行政执法局向平邑法院申请强制执行，法院依法作出了准予强制执行的裁定。

对于违法打井取水的处理方式，一般包括以下几个步骤：

1. 行政处罚：由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，限期采取补救措施，并处以罚款。罚款金额根据违法情节的严重程度而定，一般在二万元以上十万元以下。

2. 强制执行：若违法者在法定期限内未履行行政处罚决定，行政机关可依法向人民法院申请强制执行。

3. 法律责任：情节严重的，还可能吊销其取水许可证，甚至构成犯罪，依法追究刑事责任。

建议与提醒：

• 在自建房打井前，务必向当地水行政主管部门或流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费。
• 依法保护和合理利用水资源是每一位公民的义务和责任。未经相关部门批准许可，私自打井取水是违法行为，不仅可能面临罚款等行政处罚，还可能对生态环境造成损害。
• 浅层地下水中的有毒有害物质多，水质不稳定，未经处理、过滤的地下水不能作为饮用水水源。因此，在取水时务必注意水质安全。

综上所述，自建房打井若未经许可擅自取水，将构成违法行为，并可能面临严重的法律后果。因此，建议您在打井前务必了解并遵守相关法律法规，确保合法取水。