民间非营利组织往来款长期挂账，主要违反了《行政单位财务规则》中关于应收及预付款项管理的相关规定。以下是对此问题的详细分析：

一、违反的具体规定

根据《行政单位财务规则》第三十七条：“行政单位应当加强应收及预付款项的管理，严格控制规模，并及时进行清理，不得长期挂账。” 这一规定明确指出了行政单位（包括民间非营利组织，若其财务活动受类似规则约束）在应收及预付款项管理上的责任，即必须及时清理，避免长期挂账。

二、长期挂账的可能后果

1. 财务管理混乱：长期挂账会导致组织财务状况不透明，影响财务决策的准确性。
2. 资金占用：挂账款项可能占用组织资金，影响资金的使用效率。
3. 法律风险：若挂账款项涉及违法违规行为，如贪污、挪用等，组织及相关责任人可能面临法律责任。
4. 审计问题：在审计过程中，长期挂账可能被视为财务管理不善，影响组织的信誉和评级。

三、建议与措施

1. 加强财务管理：组织应建立健全的财务管理制度，明确应收及预付款项的管理责任和流程。
2. 定期清理挂账：组织应定期对应收及预付款项进行清理，确保账目清晰、准确。
3. 强化内部控制：通过加强内部控制，防止挂账款项的滥用和挪用，确保资金安全。
4. 寻求专业帮助：若组织在财务管理上遇到困难，可寻求专业会计师或律师的帮助，以确保合规运营。

四、特殊情况说明

若民间非营利组织并不直接受《行政单位财务规则》约束，但其财务管理原则应与类似规则保持一致，即确保财务活动的透明性、合规性和效率性。长期挂账行为在任何组织中都是不被鼓励的，因为它都可能导致财务管理上的问题和风险。

总结来说，民间非营利组织往来款长期挂账违反了财务管理的基本原则和相关规定，可能导致一系列不良后果。因此，组织应加强财务管理，定期清理挂账，确保合规运营。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。