关于乡村医生做小针刀手术是否合法的问题，这需要从多个法律和规定角度进行综合分析。

首先，我们要明确的是，乡村医生虽然在其注册的村卫生机构内有一定的行医权限，但这并不意味着他们可以无限制地开展所有医疗活动。特别是涉及到具有创伤性、侵入性或高危险性的技术方法时，如小针刀手术，就需要更加严格的资质和条件。

根据《中华人民共和国医师法》的规定，医师是指已取得医师资格，并经注册在医疗卫生机构中执业的专业医务人员。这包括执业医师和执业助理医师。而乡村医生，虽然经注册可以在村医疗卫生机构从事预防、保健和一般医疗服务，但他们并不具备执业医师或执业助理医师的资格。这一点在《乡村医生从业管理条例》中也有明确规定，该条例适用于尚未取得执业医师资格或者执业助理医师资格的乡村医生。

再来看小针刀手术，它属于中医微创类技术，具有一定的创伤性和侵入性。根据国家中医药管理局办公室和国家卫生计生委办公厅联合发布的《关于打击非法行医专项行动中有关中医监督问题的批复》，非医疗机构及其人员在经营活动中不得使用中医微创类技术。这意味着，除非是在合法的医疗机构内，并由具备相应资质的医师进行，否则进行小针刀手术是违法的。

此外，如果乡村医生在未经许可的情况下，擅自到非注册地（如城区）进行医疗活动，包括小针刀手术，这更是违反了相关法律法规。根据《最高人民法院关于审理非法行医刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的，可以认定为“情节严重”，甚至可能构成非法行医罪。

综上所述，乡村医生在其注册的村卫生机构外，或未取得相应医师资格的情况下进行小针刀手术，是违法的。为了保障患者的安全和权益，以及维护医疗市场的秩序，建议乡村医生严格遵守相关法律法规，不要超出其执业范围进行医疗活动。同时，患者也应选择具备合法资质的医疗机构和医师进行就医。