自然资源保护区企业迁移应当给予补偿的法律依据主要来自于《中华人民共和国自然保护区条例》以及相关法律法规对于征收征用财产应给予补偿的原则性规定。

一. 具体法律依据

1. 《中华人民共和国自然保护区条例》第二十七条：自然保护区管理机构或者其行政主管部门可以依法对进入自然保护区的单位和个人进行监督管理。对于违反规定进入自然保护区或者在自然保护区内不服从管理的单位和个人，可以依法给予行政处罚。但这一条例并未直接规定迁移企业的补偿问题，但它为自然保护区的管理提供了法律基础。

   • 关联分析：虽然该条例未直接提及补偿，但它确立了自然保护区管理的法律框架，为后续的补偿规定提供了前提。

2. 征收征用补偿原则：在我国，无论是土地征收还是其他财产的征用，法律都明确规定了应给予合理补偿的原则。例如，《中华人民共和国土地管理法》第四十七条就规定了征收土地的，应当给予公平、合理的补偿。

   • 关联分析：虽然自然资源保护区的企业迁移可能并非典型的土地征收，但迁移涉及到企业的财产权益，因此同样应遵循征收征用补偿的原则。

二. 推理总结

虽然《中华人民共和国自然保护区条例》并未直接规定企业迁移的补偿问题，但根据征收征用补偿的原则，以及保护企业合法权益的法治精神，自然资源保护区企业迁移时，应当给予合理的补偿。这种补偿应涵盖企业因迁移而遭受的直接损失和间接损失，以确保企业的合法权益不受侵害。

我建议，在具体操作中，应参照相关法律法规和政策文件，结合企业的实际情况，制定具体的补偿方案，并确保补偿的公平性和合理性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。