自然资源局负责土地补偿的主要法律依据包括《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例。以下是具体分析：

1. 《中华人民共和国土地管理法》
   该法第四十八条明确规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。补偿内容包括：

   • 土地补偿费、安置补助费；
     
   • 农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用；
     
   • 安排被征地农民的社会保障费用。
     自然资源局作为土地管理的主管部门，负责具体实施补偿标准的制定、补偿方案的审核及资金拨付等环节。

2. 《中华人民共和国土地管理法实施条例》
   该条例进一步细化了补偿程序，例如：

   • 规定市、县人民政府需组织自然资源、财政、农业农村等部门拟定补偿安置方案并公告；
     
   • 明确被征地农民有权对补偿方案提出异议，自然资源局需依法处理；
     
   • 要求补偿资金需专款专用，接受审计监督。
     这些条款为自然资源局行使职权提供了操作规范。

3. 地方性法规及政府规章
   各省、自治区、直辖市可能根据《土地管理法》制定地方性补偿标准（如《XX省土地管理条例》），自然资源局需结合地方规定执行。例如，部分地区会明确土地补偿费的具体计算方式（如按年产值的倍数）。

实务建议：
若您涉及土地补偿争议，可重点核查：

• 补偿方案是否符合法定程序（如公告、听证）；
  
• 补偿标准是否低于省级政府制定的最低标准；
  
• 补偿资金是否足额到位。
  如有疑问，可直接向我提供具体案情，我将进一步分析。