结论前置：购买门市房后仅签订协议且有证人但未过户，存在较大法律风险，不建议这样做。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律风险角度
物权变动原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。这意味着，即使你与卖方签订了购房协议，并且有证人作证，但如果没有完成过户手续，从法律上讲，你并未真正取得该门市房的所有权。
一房多卖风险：
- 在未过户的情况下，卖方仍有可能将该门市房再次出售给第三方，并完成过户手续。一旦这种情况发生，你将面临无法取得房屋所有权的风险，且可能因卖方的违约行为而遭受经济损失。
抵押或查封风险：
- 如果卖方在未过户期间将该门市房抵押给银行或其他债权人，或者因卖方的其他债务问题导致该房屋被查封，那么你将无法顺利取得房屋所有权，甚至可能面临房屋被拍卖的风险。
二、协议效力角度
协议的有效性：
- 你与卖方签订的购房协议在双方之间是具有法律效力的，只要协议内容合法、双方意思表示真实且不存在欺诈、胁迫等情形。然而，这种有效性仅限于约束协议双方，即你和卖方，对于第三方（如后续的购房者、抵押权人等）并不具有直接的约束力。
违约责任的承担：
- 如果卖方违反协议约定，未将房屋过户给你，你可以依据协议向卖方主张违约责任，如要求赔偿损失等。但这种违约责任的承担并不能直接解决你取得房屋所有权的问题，你仍需要通过法律途径（如诉讼）来维护自己的权益。
三、实际操作建议
尽快完成过户手续：
- 为了降低法律风险，确保自己真正取得门市房的所有权，建议你尽快与卖方协商完成过户手续。过户是取得房屋所有权的关键步骤，也是保障你权益的最有效方式。
完善协议内容：
- 在签订购房协议时，应确保协议内容详细、明确，包括房屋的基本信息、交易价格、付款方式、过户时间、违约责任等条款。这样可以在发生纠纷时，为双方提供明确的解决依据。
咨询专业律师：
- 在购房过程中，如果遇到任何法律问题或疑虑，建议你及时咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助，确保你的权益得到充分保障。
总结与建议：购买门市房后仅签订协议且有证人但未过户，存在较大的法律风险。为了降低风险、确保自己真正取得房屋所有权，建议你尽快完成过户手续，并完善购房协议内容。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。