自然人独资公司在有被执行的债务时，不能直接注销公司。这一结论主要基于《中华人民共和国公司法》及相关法律法规的规定，以下是对此问题的详细解析：
一、清算程序的重要性
清算的必要性：
- 当自然人独资公司决定解散时，必须进行清算。清算是一个重要的法律程序，旨在清理企业的债权债务关系，确保企业的债务得到妥善处理。
- 清算过程中，公司需要对其债务进行清偿，包括按照法定顺序依次支付清算费用、职工工资和社会保险费用、所欠税款以及其他债务。
清算人的选择：
- 清算可以由公司自行组织，也可以由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。无论哪种方式，都需要确保清算的公正性和合法性。
二、注销登记的条件
债务清偿完毕：
- 只有在完成清算，并确保所有债务（包括被执行的债务）均已得到妥善处理后，公司才能向原登记机关申请注销登记。
- 如果公司财产不足以清偿全部债务，投资人需要以其个人的其他财产来补充清偿，直至债务全部清偿完毕。
注销登记的程序：
- 清算结束后，清算人应当编制清算报告，并经投资人或者人民法院确认。确认无误后，公司才能到登记机关办理注销登记。
三、擅自注销的法律后果
法律责任：
- 如果自然人独资公司在有债务的情况下擅自办理注销手续，以逃避债务责任，不仅可能面临法律追究和相应的法律责任，还会损害公司的信誉和投资人的个人信用。
- 根据相关法律法规，原投资人对公司存续期间的债务仍负有偿还责任。即使公司已经注销，这种法律责任也不会免除。
债权人的权利：
- 债权人有权要求投资人以其个人财产对公司存续期间的债务承担偿还责任。如果债权人在法定期限内（如五年）未向债务人提出偿债请求，该责任可能会消灭，但并不意味着公司可以逃避清算和债务清偿的责任。
四、建议与措施
寻求专业帮助：
- 在处理自然人独资公司的债务问题时，建议寻求专业律师或财务人员的帮助。他们可以提供专业的法律意见和财务建议，确保公司合法、合规地解决问题。
遵守法律法规：
- 公司应严格遵守相关法律法规的规定，确保清算和注销程序的合法性和公正性。避免因擅自注销而引发的法律风险和经济损失。
总结来看，自然人独资公司在有被执行的债务时，不能直接注销公司。公司必须先进行清算并妥善处理债务问题，然后才能按照法定程序办理注销登记。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。