对于一个化妆品套盒中有一款产品不合格的情况，处罚将依据具体不合格的原因和情节严重程度，由负责药品监督管理的部门或相关执法部门依据相关法律法规进行。以下是对此问题的详细分析：
一. 依据《化妆品监督管理条例》的相关规定
若该不合格产品存在以下情形之一，将由负责药品监督管理的部门进行相应的处罚：
使用不符合强制性国家标准、技术规范的原料：如该不合格产品是因为使用了不符合标准的原料，或者应当备案但未备案的新原料，将受到处罚。
生产经营不符合标准的化妆品：若该不合格产品不符合强制性国家标准、技术规范或化妆品注册、备案资料载明的技术要求，同样将受到处罚。
其他违规情形：包括未按照化妆品生产质量管理规范组织生产、更改化妆品使用期限、化妆品经营者擅自配制化妆品或经营变质、超过使用期限的化妆品，以及在被责令召回或停止生产、经营后拒不执行等，都将面临相应的处罚。
处罚措施包括但不限于没收违法所得、违法生产经营的化妆品及相关物品，罚款（根据货值金额的不同，罚款额度有所差异），情节严重的还可能被责令停产停业、取消备案或吊销化妆品许可证件，并对相关责任人员处以罚款及禁止从事化妆品生产经营活动的处罚。构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
二. 依据《中华人民共和国产品质量法》的相关规定
若该不合格产品被认定为生产、销售不符合保障人体健康和人身、财产安全的国家标准、行业标准的产品，或者存在掺杂、掺假、以假充真、以次充好、以不合格产品冒充合格产品等情形，将依据《产品质量法》的相关规定进行处罚。
处罚措施包括责令停止生产、销售，没收违法生产、销售的产品，并处以货值金额等值以上三倍以下或百分之五十以上三倍以下的罚款（具体根据违规情形确定），有违法所得的还需没收违法所得。情节严重的，还可能被吊销营业执照。构成犯罪的，同样将依法追究刑事责任。
我建议：对于化妆品套盒中有一款产品不合格的情况，应首先明确不合格的具体原因和情节严重程度，然后依据相关法律法规进行处罚。同时，化妆品生产经营者也应加强产品质量管理，确保所有产品均符合相关标准和要求，以避免类似情况的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。