个人在诊所行医，但诊所是其伴侣负责人时，违法所得的界定主要依据非法行医的相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、非法行医的认定
根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条的规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，构成非法行医罪。非法行医是指违反医疗法律法规，未取得法定执业资格或许可而从事医疗活动的行为。在此情况下，无论诊所的负责人是谁，只要行医者本人未取得医生执业资格，其行医行为即构成非法行医。
二、违法所得的界定
违法所得的定义：
- 违法所得通常指的是因违反法律法规而获得的财产性利益。在非法行医的情境中，违法所得主要指的是行医者通过非法行医行为所获得的全部收入，包括但不限于诊疗费、药品费、检查费等。
违法所得的认定：
- 在认定违法所得时，需要综合考虑行医者的实际收入情况，包括其通过非法行医行为所获得的现金、转账、物品等所有形式的收入。
- 同时，需要排除行医者因合法活动（如非医疗相关的兼职工作）所获得的收入，以确保违法所得的准确认定。
违法所得的处理：
- 根据《医疗机构管理条例》的相关规定，对于存在无证人员执业的医疗机构，可能面临责令停止执业活动、没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以罚款的处罚。
- 在刑事处罚方面，如果非法行医行为构成犯罪，行医者不仅可能面临有期徒刑、拘役或者管制的刑事处罚，还可能被处以罚金，其中罚金数额可能与违法所得的数额有关。
三、特殊情况下的考虑
- 虽然诊所的负责人是行医者的伴侣，但这并不改变行医者非法行医的事实。诊所负责人的身份可能影响对诊所整体违法行为的认定和处罚，但不影响对行医者个人违法所得的界定和处罚。
- 如果行医者与诊所负责人之间存在经济上的共谋或利益共享，那么在认定违法所得时，可能需要考虑这部分经济利益的分配情况。然而，这通常需要具体的证据支持，并且可能涉及更复杂的法律分析。
四、法律建议
- 对于行医者：应尽快停止非法行医行为，并主动向相关部门投案自首，以争取从轻或减轻处罚。同时，应积极配合相关部门的调查工作，如实交代自己的违法所得情况。
- 对于诊所负责人：如果明知行医者未取得医生执业资格而允许其在本诊所行医，也可能面临相应的法律责任。因此，诊所负责人应加强对诊所的管理和监督，确保所有行医人员均具备合法的执业资格。
综上所述，个人在诊所行医但诊所是其伴侣负责人时，违法所得的界定主要依据非法行医的相关法律规定。行医者应尽快停止非法行医行为，并主动配合相关部门的调查工作。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。