结论前置：经诉讼依法确认的以房抵债协议在破产重整程序中的处理，需结合协议性质、破产管理人审查结果及债权人会议表决情况综合判断，具体处理方式如下：

1. 协议性质认定是关键

• 核心前提：以房抵债协议本质属于债务清偿方式，其法律效力已通过诉讼确认，但破产程序中需进一步审查其是否符合“个别清偿”的撤销条件。
• 分析：
  • 若协议签订于破产申请受理前6个月内，且债务人已具备破产原因（如资不抵债），管理人可依据《企业破产法》第32条申请撤销，该协议将无效。
  • 若协议签订时间早于上述期限，或债务人当时未达破产条件，则协议原则上有效，但需通过破产程序实现债权。

2. 破产管理人的审查与处置

• 管理人职责：管理人需对以房抵债协议进行实质审查，包括协议真实性、履行情况、是否存在恶意串通等。
• 处置方式：
  • 确认有效：若协议无瑕疵，管理人应将抵债房产纳入破产财产，按破产清算或重整计划分配。
  • 主张撤销：若存在可撤销情形，管理人需向法院提起撤销之诉，追回房产后统一处置。
  • 部分有效：若协议部分履行（如仅过户部分房产），管理人可要求继续履行或折价补偿。

3. 债权人会议的表决与重整计划

• 表决权行使：以房抵债债权人作为普通债权人或优先债权人（视协议性质），需参与债权人会议对重整计划表决。
• 重整计划内容：
  • 若协议被确认有效，重整计划可明确抵债房产的处置方式（如继续履行、变价分配或转为股权）。
  • 若协议被撤销，债权人需按普通债权比例受偿。
• 特殊情形：若重整计划需调整债权，以房抵债债权人可能面临债权削减或延期清偿。

4. 实务建议

• 债权人角度：
  1. 及时向管理人申报债权，并提交诉讼确认协议的生效判决。
  2. 关注管理人审查结果，若被主张撤销，需在异议期内提出复议或诉讼。
  3. 积极参与债权人会议，推动重整计划对自身有利的条款。
• 债务人角度：
  1. 在重整计划中明确抵债房产的处置方案，避免后续纠纷。
  2. 与债权人协商，争取通过债转股、延期清偿等方式化解债务。

总结：经诉讼确认的以房抵债协议在破产重整中并非绝对有效，需经管理人审查、债权人会议表决及法院裁定。债权人应主动维护权利，债务人需合理设计重整方案。如有具体案件，可直接向我咨询细节。