公司妨害药品管理罪，员工是否有责任需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
员工明知并积极参与犯罪
- 若员工对公司的妨害药品管理行为明知且积极参与，例如参与生产、销售假药或劣药的具体操作，提供帮助或便利条件等，那么员工可能构成该罪的共犯，需承担相应的刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪，对于共犯，会依据其在犯罪中的作用和情节进行量刑。比如，起主要作用的主犯，处罚相对较重；起次要或辅助作用的从犯，处罚会适当减轻。
员工不知情且未参与犯罪
- 若员工确实不知情，只是从事正常的劳动工作，如普通的行政、后勤等岗位，与犯罪行为无直接关联，那么员工通常不会被牵连，也无需承担刑事责任。但是，员工有义务配合司法机关的调查，如实提供所知的老板业务情况，帮助司法机关查明真相。
员工存在过错但未直接参与犯罪
- 若员工虽未直接参与犯罪行为，但存在应当知道老板犯罪而未制止等情形，也可能因存在过错而需承担一定法律责任。例如，员工在工作中发现老板有妨害药品管理的行为，但未及时报告或制止，而是选择沉默或继续为老板工作，这种情况下，员工可能被认定为从犯，从轻处罚。
法律建议：
- 对于可能涉及妨害药品管理罪的员工，建议立即停止相关行为，并主动向公安机关自首。自首是争取从轻或减轻处罚的关键一步。
- 对于不知情且未参与犯罪的员工，应积极配合司法机关的调查，如实提供所知情况。
- 若员工因公司犯罪行为导致权益受损，如被拖欠工资等，可通过合法途径维权，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
可能后果：
- 构成共犯的员工将面临刑事处罚，具体处罚根据其在犯罪中的作用和情节而定。
- 不知情且未参与犯罪的员工通常不会受到刑事处罚，但需配合调查。
- 存在过错但未直接参与犯罪的员工可能被认定为从犯，从轻处罚。
总之，公司妨害药品管理罪，员工是否有责任需根据具体情况判断。如果您或您身边的人遇到此类问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。