商标被提起无效申请，行政案件并不因此办理终止。具体分析如下：
一. 商标无效申请与行政案件的关系
- 商标无效申请的提出：根据《中华人民共和国商标法》的相关规定，任何单位或者个人都可以向商标评审委员会提出商标无效申请，请求宣告已注册的商标无效。这是基于商标法对于商标注册和使用的合法性进行的审查。
- 行政案件的独立性：行政案件是依据行政法律法规，由行政机关或行政相对人提起的，涉及行政行为的合法性、合理性等问题的案件。商标无效申请虽然涉及商标的合法性，但并不影响行政案件的独立性和进行。
二. 行政案件的处理流程
- 继续审理：即使商标被提起无效申请，行政案件仍应按照既定的程序和法律规定继续审理。行政机关或法院会根据案件的具体情况和证据，对行政行为的合法性、合理性等进行审查。
- 商标无效申请的结果对行政案件的影响：如果商标无效申请最终得到支持，即商标被宣告无效，那么行政案件中涉及该商标的具体行政行为可能会因此被撤销或变更。但这并不影响行政案件本身的审理流程和结果判定。
三. 实例说明
- 例如，某公司因商标侵权被行政机关处罚，随后该商标被提起无效申请。在这种情况下，行政案件（即商标侵权案件）并不会因为商标无效申请的提出而终止审理。行政机关仍会根据事实和法律对商标侵权案件进行裁决，而商标无效申请的结果将作为后续处理的一个参考因素。
综上所述，商标被提起无效申请并不影响行政案件的继续审理。行政案件应依据其独立的程序和法律规定进行，而商标无效申请的结果将作为后续处理的一个参考因素。如有进一步需要，您可以继续咨询我。