针对您提出的“违反上市公司章程指引怎么处罚”的问题，这实际上涉及多个层面，包括法律责任、公司内部治理机制以及股东权益保护等。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律责任层面
当上市公司高管或相关责任人违反《上市公司章程指引》时，他们可能面临法律上的责任追究。这主要依据《公司法》和《证券法》的相关规定。具体来说：
民事责任：如果高管的行为导致公司或股东遭受损失，他们可能需要承担民事赔偿责任。例如，因虚假陈述、内幕交易等行为给投资者造成损失的，高管可能需要赔偿投资者的直接和间接损失。
行政责任：监管机构（如证监会）有权对违反规定的上市公司和高管进行行政处罚，包括警告、罚款、市场禁入等。这些处罚旨在维护市场秩序，保护投资者利益。
刑事责任：对于严重违反法律法规的行为，如财务造假、挪用资金等，高管可能面临刑事责任的追究，包括有期徒刑、罚金等。
二、公司内部治理机制
除了法律责任外，上市公司内部也有一套治理机制来应对违反章程指引的行为：
内部监督：上市公司通常设有监事会或独立董事等内部监督机构，负责监督高管的行为是否符合公司章程和法律法规。一旦发现违规行为，这些机构有权进行调查并提出处理建议。
股东诉讼：根据新《上市公司章程指引》，股东有权对违规高管提起诉讼。这要求股东先完成一定的前置程序，如书面请求监事会或董事会提起诉讼。如果监事会或董事会不作为，股东可以直接起诉。
公司治理整改：在违规行为被揭露后，上市公司通常需要进行公司治理整改，包括完善内部控制制度、加强高管培训、调整管理层结构等，以防止类似行为再次发生。
三、股东权益保护
对于股东而言，保护自身权益是至关重要的。当发现高管违反章程指引时，股东可以采取以下措施：
收集证据：股东应积极收集高管违规行为的证据，如董事会会议记录、审计报告、监管处罚决定书等。
行使诉权：在符合条件的情况下，股东可以依法对违规高管提起诉讼，要求其承担民事赔偿责任。
参与公司治理：股东可以通过参加股东大会、行使表决权等方式参与公司治理，对高管的行为进行监督和制约。
四、实际案例与风险提示
在实际操作中，已有不少股东成功起诉违规高管的案例。例如，在超华科技案中，中小股东起诉董事长违规担保并获得了法院的支持。然而，也有因证据不足或未完成前置程序而导致败诉的案例。因此，股东在行使诉权时应谨慎评估胜诉概率及成本收益比，并咨询专业律师的意见。
总结
违反上市公司章程指引的行为可能面临法律责任、公司内部治理机制的制约以及股东权益的保护。对于股东而言，应积极收集证据、行使诉权并参与公司治理以维护自身权益。同时，上市公司也应加强内部治理和合规管理以防止类似行为的发生。