协商还款后仍被扣款的原因多样，可能与系统更新、协商方案生效、信息传递、扣款设置及系统错误等多个因素有关。针对您提出的“马上金融协商还了金额为什么还会扣款”的问题，我将从以下几个方面进行详细分析：

一. 系统更新滞后

1. 系统处理延迟：银行或金融机构的系统在处理还款协商时可能存在延迟，导致系统未能及时更新已协商的还款计划，从而继续执行原还款计划进行扣款。

二. 协商方案未生效

1. 方案生效时间：协商还款方案可能还未正式生效，因此在方案生效前，系统仍会依据原还款计划进行扣款。

三. 信息传递失误

1. 内部沟通不畅：在协商过程中，金融机构的工作人员可能未能准确地将协商结果传递到相关系统，导致系统未能识别已协商的还款计划。

四. 自动扣款设置未更改

1. 客户操作疏忽：在协商还款后，客户可能忘记更改自动扣款的相关设置，导致金融机构依然依照原计划自动扣款。

五. 系统错误或故障

1. 系统稳定性问题：金融机构的系统可能出现错误或故障，导致协商后的还款计划未能正确执行，从而继续扣款。

六. 其他可能因素

1. 重复扣款或超额扣款：在某些情况下，金融机构可能因系统错误或人为失误导致重复扣款或超额扣款。

针对上述情况，我建议您采取以下措施：

1. 立即联系金融机构：第一时间联系马上金融的客服部门，说明情况并要求核实扣款原因。若确属误扣款，应要求立即停止并退回多扣款项。

2. 保留相关证据：保留所有与协商还款相关的证据，如聊天记录、邮件往来、书面协议等，以便在需要时提供证明。

3. 书面申诉：若沟通无果，应以书面形式向金融机构提出申诉，并附上相关证据。

4. 寻求法律途径：若金融机构拒绝解决问题或处理结果不满意，您可以考虑向消费者权益保护部门投诉或寻求法律途径解决。

最后，我建议您在今后的金融交易中，务必仔细阅读合同条款，明确还款计划，并在协商还款后及时更改相关设置，以避免类似问题的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。