在民间借贷中，若抵押担保合同未约定还款期限，其效力及后续处理需依据相关法律法规进行细致分析。以下是对此问题的详细解答：
一、未约定还款期限的合同效力
首先，需要明确的是，未约定还款期限并不直接导致合同无效。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人就合同内容约定不明确时，可以通过协商补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。对于借款合同而言，若未约定还款期限，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但应当给对方必要的准备时间。
二、债权人的权利主张
随时请求履行：
- 债权人（出借人）有权在合理时间内要求债务人（借款人）履行还款义务。
- 债权人应给予债务人必要的准备时间，以便其筹集资金或安排还款事宜。
诉讼时效：
- 当债权人向债务人主张还款，而债务人未在合理期限内偿还时，债权人的债权就开始受到诉讼时效的约束。
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，诉讼时效期间为三年，自债权人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
三、担保人的责任
担保合同的从属性：
- 担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但法律另有规定的除外。
- 若因金融转贷（如套取金融机构贷款转贷）导致主合同无效，担保合同作为从合同通常也会随之无效。
担保人的过错责任：
- 担保合同被确认无效后，债务人、担保人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。
- 若担保人明知主合同无效仍提供担保，或者存在其他过错，可能需要承担相应的赔偿责任。赔偿责任通常不应超过债务人不能清偿部分的三分之一。
四、实际操作建议
明确约定还款期限和担保期限：
- 为避免纠纷和风险，建议在签订借款合同时明确约定还款期限和担保期限。
- 明确的约定有助于保护出借人和借款人的合法权益，减少因法律模糊性带来的潜在风险。
及时主张权利：
- 若合同未约定还款期限，债权人应及时向债务人主张权利，并给予必要的准备时间。
- 在诉讼时效期间内主张权利，以免因超过诉讼时效而丧失法律保护。
谨慎提供担保：
- 担保人在提供担保前应充分了解主合同的情况和债务人的信用状况。
- 谨慎评估担保风险，避免因主合同无效或债务人违约而承担不必要的赔偿责任。
五、案例分析
以您提供的案例为例，若甲乙以及某公司三方签订的《借款协议》未约定还款期限，且乙的资金来源于银行贷款（涉及金融转贷），则：
- 该《借款协议》可能因金融转贷而被认定为无效合同。
- 担保合同作为从合同，通常也会随之无效。
- 若甲作为担保人明知乙的资金来源是银行贷款仍促成该借贷行为，则甲可能存在过错，需要承担相应的赔偿责任。
综上所述，民间借贷中抵押担保合同未约定还款期限并不直接导致合同无效，但可能引发一系列法律问题和风险。因此，建议出借人、借款人和担保人在签订合同时务必明确约定还款期限和担保期限，并谨慎行事以符合法律规定。