针对您提出的“患重大疾病检察院如何处理”的问题，这主要涉及到刑事诉讼中关于罪犯暂予监外执行的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，患重大疾病并不直接等同于可以暂予监外执行。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，对被判处有期徒刑或者拘役的罪犯，只有在满足特定条件时，才可以暂予监外执行。这些条件包括：有严重疾病需要保外就医的、怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女、生活不能自理且适用暂予监外执行不致危害社会的。

对于患重大疾病的罪犯，如果希望暂予监外执行，必须满足以下条件：

1. 病情严重：罪犯的疾病必须属于《保外就医严重疾病范围》内，且由省级人民政府指定的医院进行诊断并开具证明文件。

2. 无社会危险性：即使罪犯病情严重，但如果其具有社会危险性，如可能再次犯罪、威胁社会安全等，那么也不得暂予监外执行。这一点在《暂予监外执行规定》中有明确规定，对需要保外就医但适用暂予监外执行可能有社会危险性的罪犯，不得保外就医。

3. 审批程序：在交付执行前，暂予监外执行由交付执行的人民法院决定；在交付执行后，则由监狱或者看守所提出书面意见，报省级以上监狱管理机关或者设区的市一级以上公安机关批准。

以您提供的案例为例，曹某某虽然患有脑梗后遗症、右侧颈内动脉瘤样硬化、2型糖尿病、高血压3级极高危等疾病，且病情符合《保外就医严重疾病范围》，但由于其在诉讼期间拒不认罪悔罪、未对被害人损失进行赔偿、威胁恐吓证人、扬言报复社会等行为，具有较高的人身危险性，因此法院最终决定不予暂予监外执行。

综上所述，检察院在处理患重大疾病罪犯的暂予监外执行申请时，会综合考虑罪犯的病情、社会危险性以及相关法律法规的规定。如果罪犯病情严重但无社会危险性，且符合其他暂予监外执行的条件，那么检察院可能会支持其申请；但如果罪犯具有社会危险性或其他不符合暂予监外执行的条件，那么检察院则会依法提出反对意见。