单位一般不得因员工患有乙肝小三阳而将其辞退。此行为违反了《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》及《就业促进法》等相关法律法规，除非特定行业有明确的法律禁止规定，并且按照法定程序进行且给予员工相应补偿。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动法律保护
平等就业权：根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》，劳动者享有平等就业和选择职业的权利。用人单位招用人员时，不得对传染病病原携带者进行歧视。乙肝小三阳作为乙肝病毒携带状态，并不等同于具有传染性，因此，在治愈前或排除传染嫌疑前，除非从事法律、行政法规和国务院卫生行政部门明确禁止的易使传染病扩散的工作，用人单位不得强行辞退此类员工。
劳动合同法的保护：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。同时，该法第三十九条所列举的可解除劳动合同的情形中，并未包含乙肝小三阳这一状况。
二、特殊行业规定
对于食品、餐饮、医疗、幼教等可能涉及公共卫生的特殊行业，乙肝小三阳患者确实可能面临一定的就业限制。然而，这并不意味着他们无法获得健康证或完全无法就业。具体能否从业需依据患者的肝功能状况、乙肝病毒复制活跃度及DNA检测结果来判断。即使在这些特殊行业中，只要能将职员调整到其他不影响公共安全的工作岗位，也不能辞退职员。
三、违法辞退的后果
若单位以乙肝小三阳为由违法辞退员工，员工首先应与用人单位协商，要求停止歧视行为并恢复工作关系。协商无果时，可向当地劳动监察部门投诉，由其对投诉进行调查核实并依法处理。员工还可寻求法律援助，通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身合法权益。若胜诉，员工有权要求单位恢复劳动关系或获得相应的经济赔偿金（通常按经济补偿标准的二倍支付）。
四、经济补偿的计算方法
若单位违法辞退乙肝小三阳员工，且员工不要求继续履行合同或劳动合同已无法继续履行，单位应按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
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