招标答疑文件是否要作为合同附件，需视具体情况和合同约定而定，但通常建议将其作为合同附件或以其他方式确保其成为合同组成部分。以下从不同角度进行分析：

1. 从合同完整性和明确性的角度

招标答疑文件通常是对招标文件的补充和解释，涉及对招标文件中的疑问、模糊点或需要进一步明确的事项的答复。这些答复可能直接影响投标人的报价、投标方案的制定以及后续合同的履行。因此，将招标答疑文件作为合同附件，可以确保合同的完整性和明确性，避免因对招标文件理解不一致而产生的纠纷。

例如，如果招标文件中对某项技术指标的描述不够明确，招标答疑文件中对此进行了详细解释，那么将该答疑文件作为合同附件，可以确保双方在合同履行过程中对该技术指标有统一的理解。

2. 从合同法律效力的角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。招标答疑文件作为对招标文件的补充和解释，如果双方在合同中明确约定其作为合同的组成部分，那么该答疑文件就具有与合同相同的法律效力。

如果未将招标答疑文件作为合同附件，但双方在合同履行过程中实际参照了该答疑文件，且未提出异议，那么该答疑文件也可能被视为合同的补充协议，具有法律效力。但为了避免争议，最好在合同中明确约定。

3. 从实践操作的角度

在实际操作中，招标人通常会在招标文件中明确要求投标人在提交投标文件时，同时确认接受招标答疑文件的内容。在合同签订阶段，招标人也会将招标答疑文件作为合同附件或单独列出，要求双方签字确认。

如果招标人未将招标答疑文件作为合同附件，但投标人在投标过程中已经接受了答疑文件的内容，并在合同履行过程中未提出异议，那么可以视为双方已经默认了答疑文件的内容。但为了避免未来可能出现的纠纷，建议还是在合同中明确约定。

4. 特殊情况下的处理

如果招标答疑文件中的内容与招标文件存在实质性冲突，或者答疑文件的内容超出了招标文件的范围，那么双方需要协商解决。在这种情况下，是否将招标答疑文件作为合同附件，需要根据双方的协商结果和合同的具体约定来确定。

建议

1. 在招标文件中明确要求投标人接受招标答疑文件的内容，并在合同签订阶段将其作为合同附件或单独列出，要求双方签字确认。
2. 如果招标答疑文件的内容较多或较为复杂，可以考虑将其整理成单独的协议或补充协议，与主合同一并签署。
3. 在合同履行过程中，如果双方对招标答疑文件的内容产生争议，应及时协商解决，并可以寻求法律途径维护自身权益。

如果您在处理招标答疑文件与合同关系的问题上遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。