三方协议中的违约金应由三方当事人协商约定，但其数额应合理，不得过高或过低，且违约金的支付并不免除违约方的其他违约责任。以下是对此问题的详细分析：

一、违约金的约定方式

1. 协商约定：根据《民法典》的相关规定，三方协议中的违约金条款应由三方当事人根据具体情况进行协商约定。这意味着，违约金的数额、支付方式、支付时间等具体内容都应由三方在平等、自愿的基础上达成一致。

二、违约金的数额确定

1. 合理性：违约金的数额应合理，既要能够体现对违约行为的惩罚性，又要避免过高或过低。过高的违约金可能导致违约方承担过重的经济负担，而过低的违约金则可能无法有效弥补守约方的损失。
2. 参考因素：在确定违约金的数额时，三方可以综合考虑多种因素，如用人单位的招聘成本、岗位的可替代性、毕业生的预期收入等。这些因素可以帮助三方更合理地评估违约行为可能造成的损失，从而确定一个相对公平的违约金数额。

三、违约金的调整机制

1. 过高或过低的调整：根据《民法典》第五百八十五条的规定，如果约定的违约金过分高于或低于造成的实际损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少或增加。这意味着，如果三方协议中约定的违约金数额不合理，当事人有权请求法律机构进行调整。

四、违约金的性质与责任

1. 补偿性质：违约金的性质主要是补偿性的，旨在弥补因违约行为给对方造成的损失。因此，在约定违约金时，应确保其数额能够覆盖守约方因违约行为而遭受的实际损失。
2. 不免除其他责任：支付违约金并不免除违约方的其他违约责任。即使违约方已经支付了违约金，如果其违约行为还造成了其他损失或影响，违约方仍需承担相应的赔偿责任或其他法律责任。

综上所述，三方协议中的违约金应由三方当事人协商约定，并确保其数额合理、公平。同时，当事人应明确违约金的性质和责任范围，以避免因约定不清而引发纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。