结论：运输合同中甲方直接运输到乙方中转站是否可行，需结合合同条款、运输方式、货物特性及双方约定综合判断，具体分析如下：

1. 合同条款的明确性

• 若运输合同中明确约定了交付地点为乙方中转站，则甲方直接运输至该地点符合合同要求，无需额外协商。
• 若合同未明确交付地点，但约定了“按乙方指示交付”或类似条款，则甲方需根据乙方书面或口头指令运输至中转站，但建议留存书面证据（如邮件、短信）以避免纠纷。
• 若合同未约定交付地点且无补充条款，根据《民法典》第603条，甲方通常应将货物运输至乙方营业地或合同约定的收货地，此时需与乙方协商是否可变更至中转站。

2. 运输方式与货物特性的影响

• 普通货物：若运输方式（如公路、铁路）允许直达中转站，且中转站具备接收条件（如仓储、分拨能力），则直接运输可行。
• 特殊货物（如危险品、冷链）：需确认中转站是否具备相应资质（如危险品存储许可、冷藏设备），否则可能违反《危险化学品安全管理条例》或《食品安全法》等规定。
• 多式联运：若合同涉及多种运输方式（如海运+陆运），需确认中转站是否为合同约定的联运节点，避免因节点变更导致责任划分争议。

3. 双方协商与合同变更

• 若合同未明确交付地点，但乙方要求变更至中转站，甲方可要求签订补充协议，明确以下内容：
  • 中转站的具体地址及接收时间；
  • 货物在中转站期间的保管责任（如丢失、损坏由谁承担）；
  • 运输费用是否因中转增加（如二次装卸费、仓储费）。
• 若甲方未同意变更，但实际运输至中转站，可能被认定为“未按约定交付”，需承担违约责任（如赔偿乙方另行运输的损失）。

4. 风险防范建议

• 书面确认：无论合同是否明确，建议通过书面形式（如邮件、补充协议）确认交付地点为中转站，避免口头约定。
• 保险覆盖：若中转站非合同原定地点，可要求乙方购买货物在中转期间的保险，或由甲方额外投保以转移风险。
• 验收流程：明确中转站的验收标准（如数量、质量），并要求乙方或其指定代表签收，保留签收单据。

总结：甲方能否直接运输至乙方中转站，核心在于合同约定与双方协商。若合同允许或经补充协议确认，则可行；若无约定且未协商一致，可能构成违约。建议根据实际情况完善合同条款，并留存书面证据以降低风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律应对方案。