针对您提出的“国家湿地保护条例里面对大水淹没耕地怎么处理”的问题，我需要先明确一点：国家湿地保护条例主要关注的是湿地生态系统的保护与管理，而并非直接针对耕地被水淹没的具体处理措施。不过，我可以结合相关法律法规和实际操作经验，为您提供一个综合性的解答框架。

一、法律法规依据

1. 国家湿地保护条例：该条例主要规定了湿地的保护、利用和管理原则，强调了湿地生态功能的维护和生物多样性的保护。对于耕地被水淹没的情况，条例本身可能并未直接规定处理措施，但提供了湿地保护和恢复的总体方向。

2. 其他相关法律法规：如《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国防洪法》等，这些法律可能涉及洪水管理、防洪排涝以及灾后恢复等方面的内容，为处理耕地被水淹没提供了法律依据。

二、处理措施建议

当耕地被大水淹没时，可以采取以下措施：

1. 紧急排水：

   • 立即疏通沟渠，利用自然排水或机械排水（如抽水机、潜水泵）尽快排除田间积水，防止作物长时间浸泡导致死亡。

2. 作物补救：

   • 对于受淹但仍有补救希望的作物，如玉米，可以采取人工扶正植株、培土固根等措施，同时清除叶面泥沙，恢复植株正常的光合作用。
   • 对于受灾严重近乎绝收的田块，可以考虑抢时改种生育期较短的作物，如绿豆、萝卜、白菜等，以减少损失。

3. 土壤管理：

   • 排除积水后，适时进行中耕松土，改善根际环境，促进根系恢复生长。
   • 对于土壤板结的地块，可以结合锄草进行中耕，破除板结，防止沤根。

4. 病虫害防治：

   • 涝灾后易发生各种病虫害，应及时进行调查和防治，使用合适的农药进行喷雾处理。

5. 政策与规划调整：

   • 对于河道管理范围内的耕地，如果经常受到洪水威胁，可以考虑根据相关法律法规和政策进行规划调整，如逐步退出耕地保护目标任务，或者采取其他措施减少洪水对耕地的影响。

三、实际操作中的注意事项

1. 依法依规：在处理耕地被水淹没的问题时，必须遵守相关法律法规和政策规定，确保处理措施的合法性和合规性。

2. 统筹兼顾：在处理过程中，需要统筹兼顾耕地保护、防洪安全和水生态安全等多方面的利益，寻求最优解决方案。

3. 科学决策：根据实际情况和科学数据做出决策，避免盲目行动和浪费资源。

综上所述，虽然国家湿地保护条例本身可能并未直接规定耕地被水淹没的处理措施，但我们可以结合相关法律法规和实际操作经验，采取紧急排水、作物补救、土壤管理、病虫害防治以及政策与规划调整等综合措施来应对这一问题。