针对您提出的“开发票有合同不走资金流超过5万元整怎么处罚”的问题，这涉及到企业发票管理和税务合规的重要方面。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条的规定，开具发票时必须如实填写交易内容，不得虚开、代开或开具与实际经营不符的发票。这包括合同流、资金流和货物流的“三流一致”原则，即发票品名需与合同标的完全一致，付款账户须为签约方账户（禁止第三方代付），运输单据或服务记录需与开票内容匹配。
在您描述的情况中，“有合同不走资金流”可能违反了“三流一致”原则中的资金流要求。如果这种行为被税务机关认定为虚开发票或接受不合规发票，那么根据相关法律法规，企业可能会面临以下处罚：
税务处罚：税务机关有权对虚开发票或接受不合规发票的行为进行处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得等。具体处罚金额会根据虚开发票的金额、情节严重程度等因素来确定。
刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条的规定，如果虚开发票税额超过10万元或导致国家税款损失超过5万元，相关责任人可能会面临十年以下有期徒刑并处罚金等刑事处罚。虽然您提到的情况是“超过5万元整”，但具体是否构成刑事责任还需根据虚开发票的税额和导致的税款损失来综合判断。
信用降级风险：企业如果因发票问题被税务机关处罚，还可能面临信用降级的风险，这将对企业的商业信誉和未来发展产生不利影响。
为了避免这些风险，我建议您采取以下措施：
加强发票管理：确保发票的开具、接收和保管都符合相关法律法规的要求，特别是要遵循“三流一致”原则。
完善内部控制：建立健全的发票管理内部控制制度，明确各部门和人员的职责和权限，确保发票管理的规范性和有效性。
加强培训和教育：定期对财务人员和相关业务人员进行发票管理和税务合规方面的培训和教育，提高他们的法律意识和合规意识。
及时咨询和沟通：如果遇到发票管理方面的问题或疑虑，及时咨询税务机关或专业律师的意见，确保企业的发票管理行为合法合规。
总之，开发票有合同不走资金流超过5万元整的行为可能违反相关法律法规，导致企业面临税务处罚、刑事责任和信用降级等风险。因此，我建议您务必加强发票管理，确保企业的发票管理行为合法合规。