关于项目投标保证金应由牵头方还是联合体支付的问题，需结合联合体协议约定、招标文件要求及法律规定综合判断，具体分析如下：

1. 优先以联合体协议约定为准

联合体各方应通过书面协议明确权利义务，包括保证金支付责任。若协议明确约定由牵头方统一支付，则牵头方需承担；若约定由各成员按比例分担或由特定成员支付，则按协议执行。
法律依据：根据《招标投标法》第三十一条，联合体各方应签订共同投标协议，明确约定各方权利义务。

2. 招标文件有特殊要求的，从其规定

招标人可能在招标文件中明确要求保证金由联合体全体成员共同支付，或指定由牵头方支付。此时，联合体需遵守招标文件要求，否则可能被视为未响应招标条件而废标。
操作建议：投标前应仔细审阅招标文件，确保保证金支付方式符合要求。

3. 未约定或约定不明时的处理原则

若联合体协议未明确约定，且招标文件无特殊要求，实践中通常由牵头方统一支付保证金，但需注意：

• 牵头方支付后，可依据联合体内部协议向其他成员追偿其应承担的部分；
  
• 若因其他成员未履行义务导致保证金被扣罚，牵头方承担责任后，有权要求违约方赔偿损失。
  风险提示：未明确约定可能导致牵头方承担额外风险，建议联合体在协议中细化责任条款。

4. 联合体成员的连带责任

无论保证金由谁支付，联合体各方均对招标人承担连带责任。即招标人有权要求联合体中任一方或全体成员承担保证金相关责任。
法律依据：根据《招标投标法》第三十一条，联合体各方应就中标项目向招标人承担连带责任。

总结建议

1. 签订书面联合体协议，明确保证金支付主体、金额分担比例及违约责任；
   
2. 严格遵循招标文件要求，避免因程序瑕疵导致投标无效；
   
3. 保留支付凭证及协议原件，以备争议时作为证据。
   

若您在联合体投标中遇到具体纠纷，可进一步提供协议文本、招标文件等材料，我将为您详细分析法律风险及应对方案。