结论前置：

1. 一般情况下，公司法人不能直接申请补办公章。
2. 若存在合法理由且符合程序，法人可申请补办，但可能面临股东间的争议。

核心前提与详细分析：

公司章程作为公司内部的“宪法”，对公司的组织架构、权力分配、运营规则等进行了明确规定。当公司章程中明确约定公章由某股东保管时，这一规定即具有法律约束力，公司内部各成员（包括法人）均应遵守。

针对用户问题的详细分析：

1. 公司章程的约束力：

   • 公司章程是公司设立时必须制定的文件，它规定了公司的基本制度和组织形式，对公司的所有成员（包括股东、董事、监事、高级管理人员等）均具有约束力。
   • 若公司章程中明确约定公章由某股东保管，则其他成员（包括法人）无权擅自改变这一安排。

2. 公章的法律意义：

   • 公章是公司对外表示意思的重要工具，具有法律效力。公章的保管和使用直接关系到公司的权益和安全。
   • 擅自补办公章可能构成对公司章程的违反，甚至可能引发公司内部的纠纷和法律责任。

3. 法人申请补办公章的合法性：

   • 在一般情况下，法人作为公司的代表，虽然有权代表公司进行法律行为，但并不意味着其有权擅自改变公司章程的规定。
   • 若法人认为需要补办公章，应首先通过公司内部的合法程序（如股东会决议、董事会决议等）进行决策，并明确公章的保管和使用安排。
   • 未经合法程序擅自补办公章，可能面临其他股东的反对和法律责任。

4. 特殊情况下的处理：

   • 若存在紧急情况（如公章遗失、被盗用等），且无法及时通过公司内部程序进行决策时，法人可能需要在保护公司利益的前提下采取临时措施。
   • 但即便如此，法人也应在事后及时向公司内部报告，并通过合法程序进行补办和安排新的公章保管人。

建议与风险提示：

• 在处理公章相关事宜时，应严格遵守公司章程的规定和公司内部的决策程序。
• 若存在争议或不确定的情况，建议及时咨询专业律师或法律机构，以避免可能的法律风险。
• 股东之间应保持良好的沟通和合作，共同维护公司的利益和安全。

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