针对您提出的“闯黄灯单位罚款合法吗”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析。
首先，从法律层面来看，闯黄灯是否构成违法以及是否会受到处罚，主要取决于具体的交通管理政策和当地法规。根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条的规定，黄灯亮时，如果车辆已经越过停止线，那么车辆可以继续通行，这种情况下并不构成违法行为。然而，如果车辆在黄灯亮起时未越过停止线而继续通行，则可能被视为违反交通信号灯指示，从而面临扣分和罚款的处罚。
接下来，我们具体分析扣分和罚款的标准：
扣分：依据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的行为，包括闯黄灯（在特定情况下），将被记6分。但这里需要明确的是，并非所有闯黄灯行为都会被扣分，只有那些在黄灯亮起时未越过停止线而继续通行的行为才会被视为违法并扣分。
罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，如闯黄灯（在违法情况下），将处警告或二十元以上二百元以下罚款。同样，罚款也是针对那些在黄灯亮起时未越过停止线而继续通行的违法行为。
此外，还需要考虑地区差异和实际执行情况。不同地区对闯黄灯行为的执法力度可能有所不同，有些地区可能采取严格管理措施，将闯黄灯视为违反交通信号灯指示，按闯红灯标准处罚；而有些地区则可能对闯黄灯行为暂未严格执法。
至于您提到的“单位罚款”，这通常不是由交通管理部门直接实施的处罚方式。在大多数情况下，如果驾驶员因闯黄灯（在违法情况下）被交通管理部门查处，那么处罚将由交通管理部门直接执行，包括扣分和罚款，而不是由驾驶员所在的单位进行罚款。当然，如果单位内部有相关的规章制度，对违反交通规则的员工进行内部处罚（如警告、扣减奖金等），那么这是单位内部的管理行为，与交通管理部门的处罚是分开的。
总结：闯黄灯是否会被罚款以及罚款的合法性，主要取决于具体的交通管理政策和当地法规。在大多数情况下，如果驾驶员在黄灯亮起时未越过停止线而继续通行，那么这种行为可能被视为违法并面临扣分和罚款的处罚。但罚款通常是由交通管理部门直接执行的，而不是由驾驶员所在的单位进行罚款。因此，建议您严格遵守交通信号灯指示，确保行车安全，避免不必要的法律风险和处罚。