针对您提出的“非法占用他人耕地种菜被清理能否申请赔偿”的问题，结论前置如下：
- 一般情况下，非法占用他人耕地种菜被清理，无法申请赔偿。因为非法占用行为本身违反了法律规定，清理行为是对违法状态的纠正，由此造成的损失通常由非法占用者自行承担。
详细分析：
一、非法占用耕地的法律性质
非法占用他人耕地种菜，属于未经批准擅自改变土地用途的行为，违反了《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规。这种行为不仅损害了原土地使用者的合法权益，也破坏了土地资源的合理利用和保护。
二、清理行为的合法性
当发现非法占用耕地的情况时，相关部门或原土地使用者有权要求非法占用者停止占用行为，并恢复土地原状。如果非法占用者拒不执行，相关部门可以依法采取强制清理措施。这种清理行为是合法的，旨在维护土地管理秩序和保护土地资源。
三、赔偿申请的可行性
无法申请赔偿的情况：
- 由于非法占用行为本身违法，清理行为是对违法状态的纠正，因此非法占用者通常无法就清理行为造成的损失申请赔偿。
- 如果清理行为是依法进行的，且没有超出必要的限度，那么非法占用者更无权要求赔偿。
可能申请赔偿的特殊情况（但本案中不适用）：
- 如果清理行为存在过错，如过度清理、损坏非占用部分的土地或作物等，且这种过错与损失之间存在因果关系，那么非法占用者可能在一定程度上有权要求赔偿。但这种情况非常罕见，且需要严格的证据支持。
- 在本案中，由于非法占用行为本身违法，且清理行为是合法的纠正措施，因此不存在这种特殊情况。
四、法律建议
- 如果您非法占用了他人耕地种菜并被清理，建议您接受这一结果，并认识到自己的违法行为。未来应遵守相关法律法规，不再进行非法占用行为。
- 如果您认为清理行为存在过错或不当之处，可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益（但这种情况在本案中不太可能成立）。
五、可能的法律后果
- 如果您继续非法占用耕地或拒绝执行清理决定，可能会面临更严重的法律后果，如罚款、强制执行等。
- 长期非法占用耕地还可能构成犯罪，如非法占用农用地罪等，将受到刑事处罚。
综上所述，非法占用他人耕地种菜被清理后，一般情况下无法申请赔偿。建议您遵守相关法律法规，尊重他人的土地使用权，避免类似纠纷的发生。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。