发票的存根联在经济交易中具有明确的法律效力，它作为发票开具的原始记录，由开票方留存备查，并承担着多重重要职责。以下是对存根联法律效力的详细解读：

一、税务检查的法律依据

存根联是税务机关进行税务检查时的重要依据。税务机关通过核对存根联，可以确认企业的开票情况是否真实、合法，从而确保企业依法纳税。这一过程中，存根联起到了防止企业虚开发票或开具与实际经营业务不符的发票等违法违规行为的关键作用。因此，存根联在税务检查中具有不可替代的法律地位。

二、企业内部核对与自查的凭证

除了税务检查外，存根联还是企业内部进行财务清查、内部审计时的重要核对资料。企业可以通过存根联与发票联、记账联进行比对，确保发票开具信息的准确性和一致性。这种自查自纠的机制有助于企业保障财务管理的规范性和准确性，防止因发票管理不善而引发的财务风险。

三、法律保存期限的要求

根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，已开具的发票存根联应当保存五年，以备查验。这一规定体现了存根联在法律上的重要性和必要性。保存存根联不仅有助于企业应对可能的税务检查或法律纠纷，也是企业遵守法律法规、履行纳税义务的具体体现。

四、存根联的法律效力总结

综上所述，发票的存根联具有明确的法律效力。它作为发票开具的原始记录，是税务检查的重要依据，也是企业内部核对与自查的凭证。同时，法律还规定了存根联的保存期限，以确保其法律效力的持续性和可追溯性。因此，企业在日常经营中应严格按照规定开具、使用和保存发票存根联，以确保自身合法权益和财务数据的准确性。