给客户开票用存根联并盖章的行为属于违规操作，该行为无效，且可能引发法律风险。以下从不同角度进行分析：

1. 发票的法定联次及用途
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，增值税专用发票或普通发票通常分为记账联、发票联、抵扣联（专票特有）等联次。其中：
   

• 存根联是开票方留存备查的联次，用于内部核算和税务查验，不得对外交付；
  
• 发票联是购买方（客户）用于记账或报销的合法凭证。
  若将存根联代替发票联交付客户，属于未按规定开具发票的行为，违反了发票管理的强制性规定。

1. 行为的法律效力
   

• 合同层面：若双方约定以“合法有效发票”作为付款或结算依据，存根联因不符合法定形式，可能导致客户拒绝接受或主张合同履行瑕疵，引发纠纷。
  
• 税务层面：税务机关查实后，可能对开票方处以罚款（如《发票管理办法》第三十五条规定的“未按照规定开具发票”行为，可处1万元以下罚款），并要求补缴税款及滞纳金。
  
• 刑事风险：若存在虚开发票、骗取税款等故意，可能触犯《刑法》第二百零五条（虚开增值税专用发票罪）或第二百零六条（伪造、出售伪造的增值税专用发票罪），需承担刑事责任。

1. 实务建议
   

• 立即纠正：若已发生此类行为，应尽快收回存根联，向客户补开合法发票联，并留存沟通记录（如邮件、微信）证明整改情况。
  
• 内部合规：建立发票管理制度，明确联次使用规范，定期培训财务人员，避免因操作失误引发风险。
  
• 风险隔离：若客户已使用存根联报销或入账，需评估其是否被税务机关查验，必要时主动向税务机关说明情况，降低处罚风险。

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