处理程序违法是指行政机关或司法机关在实施法律行为时，未遵循法律规定的程序要件，包括方式、步骤、顺序、期限等，从而损害了当事人合法权益的行为。以下从行政程序违法和司法程序违法两个角度，对处理程序违法进行详细阐述：
行政程序违法
违反法定步骤：
- 行政机关在作出行政行为时，必须按照法律规定的步骤进行。例如，行政处罚决定前应告知当事人有要求听证的权利，若当事人要求听证，行政机关应组织听证。未履行此程序即构成违反法定步骤。
超越法定时限：
- 行政机关应在法律规定的期限内完成行政行为。如行政许可决定应在受理申请之日起一定期限内作出，超出此时限即属超越法定时限的程序违法。
违反法定形式：
- 行政行为应采用法律规定的形式。例如，行政处罚决定应制作书面决定书并加盖印章。仅口头告知而无书面决定，即违反法定形式。
违反法定顺序：
- 行政行为的实施顺序需符合法律规定。如在土地征收中，应先公告、听取意见、进行补偿安置后再征收。未按规定顺序实施即构成程序违法。
“先斩后奏”与剥夺陈述、申辩权：
- 行政机关在作出具体行政行为前，应履行告知义务，不得剥夺相对人的陈述、申辩权利。否则，即使行为内容合法，也因程序违法而可能无效。
应该听证而未听证：
- 对于法律明确规定应实施听证的事项，如重大行政处罚，行政机关未组织听证即构成程序违法。
调查取证时的程序违法：
- 调查取证时，执法人员应不少于两人，出示证件，并告知当事人拒绝接受调查或提供证据的后果。违反这些规定即属程序违法。
处理方式：
- 当事人认为行政程序违法侵犯其合法权益的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，请求撤销或变更违法的行政行为。
- 若因行政程序违法导致当事人遭受损失，当事人还有权依法请求国家赔偿。
司法程序违法
刑事诉讼
侦查阶段：
- 非法搜查、扣押：侦查人员应依法出示搜查证、扣押清单等手续。擅自搜查或扣押与案件无关的财物，即属程序违法。
- 超期羁押：犯罪嫌疑人被逮捕后，侦查羁押期限有法定限制。超期羁押侵犯了犯罪嫌疑人的人身权利，构成程序违法。
审查起诉阶段：
- 未保障辩护权：检察院应告知犯罪嫌疑人有权委托辩护人，并不得阻碍其与辩护人会见、通信。违反此规定即属程序违法。
审判阶段：
- 违反回避制度：审判人员等与案件有利害关系时应自行回避。未回避可能影响案件公正审理，构成程序违法。
- 剥夺上诉权：法院应告知当事人上诉的权利、期限和方式。未告知或以不正当理由限制、剥夺上诉权，即属程序违法。
民事诉讼
管辖错误：
- 法院应遵守民事诉讼法关于管辖的规定。无管辖权却受理案件，即属管辖错误的程序违法。
未依法送达诉讼文书：
- 法院应按法定方式和程序送达起诉状副本、传票、判决书等诉讼文书。未依法送达导致当事人无法行使诉讼权利，即构成程序违法。
违反公开审判原则：
- 除特殊情形外，民事案件应公开审理。无正当理由不公开审理应公开审理的案件，即违反了公开审判原则。
行政诉讼
- 被告未在法定期限内举证：
- 在行政诉讼中，被告对作出的行政行为负有举证责任。未在收到起诉状副本之日起十五日内举证且无正当理由的，视为被诉行政行为没有相应证据，属于程序违法。
处理方式：
- 在刑事诉讼中，若发现侦查、审查起诉或审判阶段存在程序违法，当事人或其辩护人、诉讼代理人可以依法提出异议，要求纠正违法程序。
- 在民事诉讼和行政诉讼中，若发现法院存在程序违法，当事人可以依法提起上诉或申请再审，请求撤销或变更违法的判决、裁定。
总结与建议：
处理程序违法是法律实施过程中的重要环节，它关系到法律程序的公正性和当事人的合法权益。因此，无论是行政机关还是司法机关，都应严格遵守法律规定的程序要件，确保法律行为的合法性和有效性。当事人若认为自己的权益受到程序违法的侵害，应及时寻求法律援助，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何法律问题，尤其是涉及行政纠纷、刑事辩护、房屋拆迁、土地纠纷、行政诉讼等领域的问题，可以直接向我咨询。