合作合同中甲方保证乙方不亏损的条款，其合法性需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：
合法性分析
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，可以约定合同的内容。因此，从合同自由的角度来看，甲方和乙方可以在合同中约定甲方保证乙方不亏损的条款。
- 但需注意，这种约定不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
保证条款的效力：
- 如果甲方保证乙方不亏损的条款是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该条款在合同中是有效的。
- 然而，如果这种保证超出了甲方的合理控制范围，或者构成了对乙方经营风险的完全转移，那么该条款可能因显失公平或违反商业风险原则而被认定为无效或可撤销。
商业风险的考量：
- 在商业合作中，亏损是常见的商业风险之一。甲方作为合作方，通常不应对乙方的全部亏损承担保证责任，除非这种保证是双方基于特定商业安排而达成的。
- 如果甲方无条件地保证乙方不亏损，这可能被视为对商业风险的过度干预，不符合商业合作的常规做法。
法律建议
明确保证范围：
- 如果双方确实希望在合同中约定甲方保证乙方不亏损的条款，那么应明确保证的范围、条件以及违约责任等。
- 例如，可以约定在特定情况下（如市场波动不超过一定范围、甲方提供特定支持等），甲方对乙方的亏损承担一定比例的补偿责任。
考虑风险分担：
- 双方应合理分担商业风险，避免将全部风险转移给一方。
- 可以通过约定风险共担机制、设置止损点等方式来平衡双方的风险和利益。
咨询专业律师：
- 在签订合作合同前，双方应咨询专业律师，确保合同条款的合法性和有效性。
- 作为专业律师，我可以根据双方的具体情况和需求，提供定制化的法律建议和合同条款设计。
可能的法律后果
条款无效：
- 如果甲方保证乙方不亏损的条款违反了法律、行政法规的强制性规定或违背了公序良俗，那么该条款可能被认定为无效。
违约责任：
- 如果甲方未能履行保证乙方不亏损的承诺，且该承诺在合同中是有效的，那么甲方可能需要承担违约责任，包括赔偿乙方的损失等。
商业纠纷：
- 如果双方对保证条款的理解或执行存在分歧，可能导致商业纠纷的发生。因此，在签订合同前，双方应充分沟通并明确各自的权利和义务。