结论：在执行保全（执保）过程中，若对方已偿还部分款项（如1000元）并达成执行和解，后续处理需根据和解协议内容、履行情况及法律程序分情况处理。以下是具体分析：

1. 若执行和解协议已明确剩余款项的履行方式

• 协议效力：执行和解是双方对原生效法律文书的变更或补充，具有法律效力。若协议中明确约定了剩余款项的偿还时间、金额及方式（如分期支付），则需按协议履行。
• 后续程序：
  • 对方完全履行：若对方按协议还清剩余款项，您需向法院提交《结案申请》，法院将裁定终结执行程序，并解除保全措施（如冻结的银行账户、查封的财产等）。
  • 对方未完全履行：若对方未按协议履行剩余义务，您可向法院申请恢复原生效法律文书的执行（即继续执行未偿还部分），并可能要求对方承担违约责任（如支付逾期利息、违约金等）。

2. 若执行和解协议未明确剩余款项的履行方式

• 补充协议：建议双方签订补充协议，明确剩余款项的偿还计划（如金额、时间、方式），以避免后续纠纷。
• 法院介入：若无法达成补充协议，您可向法院申请恢复执行，并要求法院根据原生效法律文书及对方已偿还的1000元，裁定剩余应偿还金额。法院可能要求对方提供财产线索或直接强制执行其财产。

3. 对方已偿还1000元，但未达成执行和解

• 继续执行：若对方仅偿还部分款项但未达成和解，您可向法院申请继续执行剩余款项。法院将根据原生效法律文书，对对方未偿还部分进行强制执行（如划扣银行账户、拍卖查封财产等）。
• 保全措施：若保全措施仍在有效期内（如银行账户冻结期限未满），法院将继续维持保全状态，直至执行完毕。

4. 注意事项

• 书面协议：执行和解必须采用书面形式，口头协议无效。建议通过法院制作《执行和解笔录》或签订书面和解协议，并由双方签字确认。
• 法院备案：和解协议需提交法院备案，否则可能影响后续执行程序。
• 对方履行能力：在达成和解前，建议评估对方的履行能力（如财产状况、收入情况），避免因对方无力履行导致和解协议无法执行。

建议：若您对执行和解或后续程序有疑问，可直接向我咨询，我将根据具体案情为您提供详细法律意见。